R语言 CAMERA包 findIsotopes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findIsotopes(CAMERA)
findIsotopes()所属R语言包：CAMERA

                                        Deconvolute/Annotate LC/ESI-MS data
                                         deconvolute /注释LC / ESI-MS的数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Annotate isotope peaks for a xsAnnotate object. Returns a xsAnnotate object with annotated isotopes.
注释同位素峰为xsAnnotate对象。返回注明同位素与xsAnnotate对象。


用法----------Usage----------


  findIsotopes(object, maxcharge=3, maxiso=4, ppm=5, mzabs=0.01, intval="maxo", minfrac=0.5)



参数----------Arguments----------

参数：object
the xsAnnotate object
xsAnnotate对象


参数：maxcharge
max. number of the isotope charge
最大。数同位素费


参数：maxiso
max. number of the isotope peaks
最大。同位素峰的数目


参数：ppm
ppm error for the search
ppm误差搜索


参数：mzabs
allowed variance for the search
允许误差为搜索


参数：intval
choose intensity values for C12/C13 check. Allowed values are into, maxo, intb  
选择C12/C13检查的强度值。允许的值是成，maxo，INTB


参数：minfrac
in case of multiple samples, percentaged value of samples, which have to contain the correct C12/C13 ratio
在多个样品，样品percentaged值，其中包含正确的C12/C13比的情况下


Details

详情----------Details----------

Isotope peaks are annotated for a xsAnnotate object according to given rules (maxcharge, maxiso). The algorithm benefits from a earlier grouping of the data, with groupFWHM.  Generates a list of all possible isotopes, which is stored in object@isotopes. Those isotope information will be used in the groupCorr funtion. The itensity of the C13 isotope peak is checked against the C12 of proper ratio. In the case of mulitiple sample, all samples will be tested. Minfrac describe the minimal percentaged of samples, which must passed the test. If peaks are NA, then this sample is skipped and the ratio is (found correct C12/C13 ratio) / (samples containing C12 and C13 peak).
同位素峰为xsAnnotate对象的注释，根据给定的规则（maxcharge，maxiso）。从早期数据分组groupFWHM，该算法的好处。生成所有可能的同位素，这是存储在对象@同位素的列表。这些同位素的信息将被用于在groupCorr funtion。被选中的C13同位素峰itensity对C12的适当比例。在mulitiple样品的情况下，所有样品将受到考验。 Minfrac描述的，它必须通过测试样品的最小percentaged。如果峰是不适用的，那么这个样品被跳过的比例是（找到正确的C12/C13比）/（样品含有C12和C13峰值）。


作者（S）----------Author(s)----------


Carsten Kuhl <ckuhl@ipb-halle.de>



举例----------Examples----------


library(CAMERA)
file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA")
xs   <- xcmsSet(file, method="centWave", ppm=30, peakwidth=c(5,10))
an   <- xsAnnotate(xs)
an   <- groupFWHM(an)
an   <- findIsotopes(an)

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注：
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