TreeSim-package(TreeSim)
TreeSim-package()所属R语言包：TreeSim
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The package simulates phylogenetic trees where (i) all tips are sampled at one time point or (ii) tips are sampled sequentially through time. (i) For sampling at one time point, simulations are performed under a constant-rate birth-death process, conditioned on having a fixed number of final tips (sim.bd.taxa), or a fixed age (sim.bd.age), or a fixed age and number of tips (sim.bd.taxa.age). When conditioning on the number of final tips, the method allows for shifts in rates and mass extinction events during the birth-death process (sim.rateshift.taxa).sim.bd.age (and sim.rateshift.taxa without extinction) allow the speciation rate to change in a density-dependent way. The LTT plots of the simulations can be displayed using LTT.plot, LTT.plot.gen and LTT.average.root. TreeSim further samples appropriately trees with n final tips from a set of trees generated by the common sampling algorithm stopping when a fixed number m>>n of leaves is first reached (sim.gsa.taxa). This latter method is appropriate for m-tip trees generated under a big class of models (details in the sim.gsa.taxa man page). For incomplete phylogeny, the missing speciation events can be added through simulations (corsim). (ii) sim.rateshifts.taxa is generalized to sim.bdsky.stt for serially sampled trees, where the trees are conditioned on either the number of sampled tips or the age. Furthermore, for a multitype-branching process with sequential sampling, trees on a fixed number of tips can be simulated using sim.bdtypes.stt.taxa.
包模拟系统发育树，其中（i）所有的提示进行采样，在一个时间点，或（ii）提示依次进行采样，通过时间。 （i）对于在某一时间点取样，模拟进行下一个恒定速率的生灭过程，空调有最后提示（sim.bd.taxa）的固定数量或固定的年龄（sim.bd.age ），或者是固定的年龄和数目的的技巧（sim.bd.taxa.age）。当空调的最后提示，该方法允许对利率的变化和大规模灭绝事件的生灭过程（sim.rateshift.taxa）的在。sim.bd.age（和sim.rateshift.taxa没有灭绝）允许形态率的密度依赖的方式在改变。 LTT的模拟图可以显示，使用LTT.plot，LTT.plot.gen和LTT.average.root。适当TreeSim进一步样品具有n的最后提示从一组所产生的共同停止当首次达到一个固定的数m >> n的叶（sim.gsa.taxa）时的采样算法的树木的树木。后一种方法是适当的下一个大班里的模型（在sim.gsa.taxa手册页的详细信息）的米尖树。系统发育不完全，缺少的形态可以通过添加事件模拟（CORSIM）。 （二）sim.rateshifts.taxa广义，以sim.bdsky.stt连续采样的树木，那里的树木的数量取样技巧或年龄条件的。此外，为多类型分枝过程进行顺序采样，树木在一个固定的一些技巧可以模拟使用sim.bdtypes.stt.taxa。
Details
详细信息----------Details----------
（作者）----------Author(s)----------
Tanja Stadler
<http://www.tb.ethz.ch/people/tstadler>
参考文献----------References----------
J. Theo. Biol. (2009) 261: 58-66.
参见----------See Also----------
ape geiger
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发表于 2012-10-1 11:52:58
