R语言 TreeSim包 sim.bdtypes.stt.taxa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sim.bdtypes.stt.taxa(TreeSim)
sim.bdtypes.stt.taxa()所属R语言包：TreeSim

                                        sim.bdtypes.stt.taxa: Simulating multitype birth-death trees with a fixed number of tips sampled through time.
                                         sim.bdtypes.stt.taxa：模拟多类型的出生，死亡树木与通过时间采样的固定数量的提示。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

sim.bdtypes.stt.taxa simulates trees on n tips sampled through time under a multitype birth-death process.
sim.bdtypes.stt.taxa模拟树木在n通过时间采样的提示下，多类型的生灭过程。


用法----------Usage----------


sim.bdtypes.stt.taxa(n,lambdavector,deathvector,sampprobvector,init=-1)



参数----------Arguments----------

参数：n
Number of sampled leaves
采样的叶子数


参数：lambdavector
Matrix of dimension kxk, where k is the number of different states. The entry (i,j) is the rate with which an individual in state i gives rise to a new lineage of state j.
矩阵的维度KXK，其中k是不同的状态的数目。项目（I，J）的个人状态，我产生了一个新的世系的状态j的速度。


参数：deathvector
Vector of dimension k, the entry i is the death rate of an individual in state i.
k维向量，进入我是一个人在状态i的死亡率。


参数：sampprobvector
Vector of dimension k, the entry i is the probability of an individual in state i being sampled upon death, i.e. being included into the final tree.
k维的向量，进入我是我个人的状态被采样后死亡的概率，即进入决赛的树。


参数：init
Default is -1, meaning the initial individual is in a random state (which is chosen from the equilibrium distribution of states). If init>0, then the initial state is init.
缺省值是-1，这意味着初始的个体在一个随机的状态（这是选择从状态的平衡分布）。如果init> 0，则初始状态是init。


值----------Value----------


参数：out
Phylogenetic tree with n sampled tips. In out$states, the states for the tips are stored.
系统进化树有n个采样的提示。在美元买状态，状态的提示的存储位置。


注意----------Note----------

A large number of trees can be obtained using the R function lapply. The tree can be plotted using the R package ape function plot(collapse.singles(out)). sim.bdtypes.stt.taxa function extends the simulator in the R package diversitree to trees which contain tips being sampled sequentially.
大量的树木可以得到使用R函数lapply。树可以使用R包猿功能图（collapse.singles（出））绘制。 sim.bdtypes.stt.taxa功能，扩展了模拟器在的R包diversitree的包含提示顺序采样的树木。


（作者）----------Author(s)----------


Tanja Stadler



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

sim.bdsky.stt
sim.bdsky.stt


实例----------Examples----------


set.seed(1)
n<-10
lambda <- rbind(c(2,1),c(3,4))
mu <- c(1,1)
sampprob <-c(0.5,0.5)
numbsim<-2
trees<-lapply(rep(n,numbsim),sim.bdtypes.stt.taxa,lambdavector=lambda,deathvector=mu,sampprobvector=sampprob)

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