sim.bdsky.stt(TreeSim)
sim.bdsky.stt()所属R语言包：TreeSim
sim.bdsky.stt: Simulating birth-death trees under a model where birth and death rates are changing in a piecewise fashion.
sim.bdsky.stt：模拟出生死亡的树木下出生率和死亡率的模型中，一个分段的方式正在发生变化。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
sim.bdsky.stt simulates birth-death trees under a model where birth and death rates are changing in a piecewise fashion. The trees are conditioned on a fixed number of tips or a fixed age. Tips are sampled through time.
sim.bdsky.stt模拟的出生，死亡树木下的出生率和死亡率的模型中，一个分段的方式正在发生变化。树木空调上的固定数目的提示或固定的年龄。提示进行采样，通过时间。
用法----------Usage----------
sim.bdsky.stt(n,lambdasky,deathsky,timesky,sampprobsky,rho=0,timestop=0)
参数----------Arguments----------
参数：n
If n>0, then the simulation is stopped once n tips are sampled sequentially through time. If n=0, the simulation is stopped after time timestop.
如果n> 0，那么模拟停止一旦氮提示是采样时间依次通过。如果n = 0，仿真器会停止后时间timestop的。
参数：lambdasky
Vector of dimension k, where k is the number of different birth rates. An individual between time (timesky[i],timesky[i+1]) has birth rate lambdasky[i].
向量的维数k，其中k是不同的出生率。时间之间的个体（timesky [我]，timesky第[i +1]）的出生率lambdasky [i]的。
参数：deathsky
Vector of dimension k, where k is the number of different death rates. An individual between time (timesky[i],timesky[i+1]) has death rate deathsky[i].
向量的维数k，其中k是不同的死亡率。的个人之间的时间（timesky [我]，timesky第[i +1]）具有死亡率deathsky [i]的。
参数：timesky
Vector of dimension k, containing the times of rate shifts. timesky[1]=0 denotes the time of the first individual.
k维向量，其中包含率变化的时代。 timesky [1] = 0表示的第一个单独的时间。
参数：sampprobsky
Vector of dimension k, an individual dying during time (timesky[i],timesky[i+1]) is sampled with probability sampprobsky[i], i.e. is being included into the final tree.
向量的维数k，一个单独的死亡时间期间（timesky [i]的，timesky第[i +1]）被采样的概率sampprobsky [i]的，即正在被纳入最终树。
参数：rho
Default is rho=0. If rho>0 and timestop>0, then the process is stopped after timestop and each alive individual at time timestop is included into the final tree with probability rho.
默认值是ρ= 0。如果rho沸石> 0和timestop的> 0，则该过程被停止后，在时间timestop的timestop的和每个活着个人纳入最终树的概率rho沸石。
参数：timestop
Default is timestop=0, meaning the simulation is stopped once n tips are sampled. If timestop>0, then the simulation is stopped after time timestop.
默认值是timestop的= 0，这意味着停止模拟一旦N的提示进行采样。如果timestop的> 0，那么模拟停止后时间timestop的。
值----------Value----------
参数：out
Phylogenetic tree with n sampled tips or a fixed age timestop.
有n个采样的提示或固定的年龄timestop的系统进化树。
注意----------Note----------
A large number of trees can be obtained using the R function lapply. The tree can be plotted using the R package ape function plot(collapse.singles(out)). sim.bdsky.stt function extends the function sim.rateshift.taxa to trees which contain tips being sampled sequentially.
大量的树木可以得到使用R函数lapply。树可以使用R包猿功能图（collapse.singles（出））绘制。 sim.bdsky.stt功能扩展功能sim.rateshift.taxa，包含提示顺序采样的树木。
（作者）----------Author(s)----------
Tanja Stadler
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
sim.bdsky.stt.taxa
sim.bdsky.stt.taxa
实例----------Examples----------
set.seed(1)
n<-10
lambda <- c(2,1,2)
mu <- c(1,0.5,1.5)
sampprob <-c(0.5,0.5,0.5)
times<-c(0,1,2)
numbsim<-2
trees<-lapply(rep(n,numbsim),sim.bdsky.stt,lambdasky=lambda,deathsky=mu,timesky=times,sampprobsky=sampprob,rho=0,timestop=0)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-10-1 11:52:36
