R语言 TreeSim包 LTT.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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LTT.plot(TreeSim)
LTT.plot()所属R语言包：TreeSim

                                        LTT.plot: plots the lineages through time of a set of phylogenetic trees
                                         LTT.plot图的血统通过一组的系统发育树

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

LTT.plot plots the LTT for a set of phylogenetic trees in black (complete or reconstructed; with or without polytomies) together with the average LTT plot in red. The trees may be simulated using any function in TreeSim, or may be empirical trees. Polytomies and non-ultrametric trees are ok. NOTE: you probably need to adopt the code such that the plot is pretty for your particular data (range of axes etc).
LTT LTT.plot绘制一套完整的黑色（或重建的系统发育树带或不带多分支）连同红色的平均LTT图。树可能是模拟使用TreeSim中的任何函数，或可能是经验性树。多分支和非超度量的树木都OK了。注意：您可能需要通过代码，这样的图是非常适合您的特定数据（轴等范围）。


用法----------Usage----------


LTT.plot(trees,width,precalc,bound=10^(-12),timemax,nmax,avg)



参数----------Arguments----------

参数：trees
List with one or two entries. First component: list of phylogenetic trees; second component: vector with time of origins (can be empty).
列出与一个或两个条目。第一部分：系统发育树列表，第二个组成部分：矢量起源的时间（可以为空）。


参数：width
Width of lines in plot
在图的行宽


参数：precalc
Default = 0. If = 1, then parse 'LTT.plot.gen(trees)' instead of 'trees' for the variable trees.
默认值= 0。如果= 1，然后解析LTT.plot.gen（树）“，而不是”树“为变量的树木。


参数：bound
Determines the value by which leaf times may differ in an ultrametric tree. If two tips are further apart, they are considered as sequentially sampled tips.
确定值超度量树叶时间可能会有所不同。如果两个秘诀是越离越远，它们被认为是顺序采样的提示。


参数：timemax
Time axis is drawn from present to timemax years in the past.
在过去的时间绘制轴从现在到timemax年。


参数：nmax
Axis with number of species is drawn from 1 to nmax.
轴绘制的物种数量从1到nmax。


参数：avg
Default=FALSE. If true then the average LTT plot of all individual LTT plots is drawn in red.
默认值= FALSE。如果为真，则平均LTT图的所有个人LTT图的绘制红色。


（作者）----------Author(s)----------


Tanja Stadler



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

LTT.plot.gen, sim.bd.taxa, sim.bd.age, sim.rateshift.taxa, sim.gsa.taxa, birthdeath.tree
LTT.plot.gen，sim.bd.taxa，sim.bd.age，sim.rateshift.taxa，sim.gsa.taxa，birthdeath.tree


实例----------Examples----------



numbsim<-3
age<-10
lambda<-0.3
mu<-0
K<-40

tree<- sim.bd.age(age,numbsim,lambda,mu,mrca=FALSE,complete=FALSE,K=K)
LTT.plot(c(list(tree),list(c(age,age,age))))

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