bdsky.stt.optim(TreePar)
bdsky.stt.optim()所属R语言包：TreePar
bdsky.stt.optim: Estimating piecewise constant birth and death rates in phylogenies with sequentially sampled tips.
bdsky.stt.optim：分段恒定的出生率和死亡率估算系统发育顺序采样的提示。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
bdsky.stt.optim estimates the maximum likelihood birth and death rates together with the rate shift times t=(t_1,t_2 .., t_m) in a phylogeny with sequentially sampled tips. At the times t, the rates are allowed to change.
bdsky.stt.optim最大似然估计的出生率和死亡率的变动时间t =（T_1，T_2 ..，t_m），在系统发育顺序采样的提示。在时间t，幅度也允许改变。
用法----------Usage----------
bdsky.stt.optim(x,ttype=0,rho=0,sampprob=c(0),constdeath=0,root=0)
参数----------Arguments----------
参数：x
Vector of branching and sampling times in the phylogeny. Time is measured increasing going into the past with the present being time 0. x can be obtained from a phylogenetic tree using getx(TREE,sersampling=TRUE).
矢量系统发育分支和采样时间。时间测量增加进入的过去与目前时间0。 x可以从进化树的getX（TREE，sersampling = TRUE）。
参数：ttype
If ttype[i]=0, then x[i] denotes a branching event. If ttype[i]=1, then x[i] denotes a sampling event.
如果Af - Ag型[] = 0，则x [i]的表示一个分支事件。如果Af - Ag型[] = 1，则x [i]的表示一个采样事件。
参数：rho
Probability of sampling individuals at present. rho=0 is default.
目前概率抽样个人。 ρ= 0为默认值。
参数：sampprob
Vector of length k where k is the number of different birth rates to be estimated.
向量的长度为k，其中k是不同的出生率要估计的数量。
参数：constdeath
If constdeath=0 (default) then k death rates are estimated. If constdeath=1, then 1 death rate is estimated.
如果constdeath = 0（默认值），则k的死亡率估计。如果constdeath = 1，然后1死亡率估计。
参数：root
root=0 indicates that there is an edge above the root (mrca) in the tree. root=1 indicates that there is no edge above the root.
根= 0表示是树中的根（MRCA）上面的边缘。根= 1表明不存在边缘上方的根。
值----------Value----------
参数：out[[1]]
Entry [[j]] are the maximum likelihood parameter estimates for j-1 shifts
进入[J] J-1的变化是最大似然参数估计
参数：out[[2]]
Matrix where in each row, first entry denotes the type of convergence problem, second entry denotes assuming the number of shifts in the problematic caluclation, third entry denotes in which interval it happened.
矩阵中的每一行，第一项表示类型的收敛性问题，第二项表示假设的变化的问题caluclation中的数量，第三项表示的间隔发生。
注意----------Note----------
bdsky.stt.optim extends the function bd.shifts.optim to trees with sequentially sampled tips.
bdsky.stt.optim扩展功能bd.shifts.optim的树木，顺序采样的提示。
（作者）----------Author(s)----------
Tanja Stadler
参考文献----------References----------
实例----------Examples----------
set.seed(1)
lambda<-c(3,4)
mu<-c(1,1)
sampprob<-c(0.5,0.5)
time<-c(0,0.5)
n<-10
tree<- sim.bdsky.stt(n,lambda,mu,time,sampprob)
summary<-getx(tree,sersampling=TRUE)
times<-summary[,1]
ttype<-summary[,2]
out <- bdsky.stt.optim(x=times,ttype=ttype,sampprob=sampprob)
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-10-1 11:51:21
