R语言 CAMERA包 calcCiS-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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calcCiS-methods(CAMERA)
calcCiS-methods()所属R语言包：CAMERA

                                        Calculate peak distance matrix after EIC correlation
                                         计算后三电相关峰值的距离矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Processing an xsAnnotate object and correlates peak EIC curves from one pseudospectrum, using a precalculated EIC matrix (getAllPeakEICs). It return a weighted edge list as distance matrix between peaks  according to the correlation analysis. The edge value is the pearson correlation coefficent. The list can be used as input for calcPC.
处理从一个伪谱1 xsAnnotate对象和关联峰三电曲线，使用预先计算的三电矩阵（getAllPeakEICs）。它返回一个根据相关分析的峰之间的距离矩阵加权边列表。边缘值的Pearson相关系数。该列表可以用于作为calcPC的输入。


用法----------Usage----------


    calcCiS(object, EIC=EIC, corval=0.75, pval=0.05, psg_list=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：object
The xsAnnotate object
xsAnnotate对象


参数：EIC
EIC Matrix
三电矩阵


参数：corval
Correlation threshold for the EIC correlation
三电相关的相关阈值


参数：pval
pvalue for testing correlation of significance
用于测试的意义相关的pvalue


参数：psg_list
Vector of pseudospectra indices. The correlation analysis will be only done for those groups
向量的伪谱指数。相关分析将只为这些群体


Details

详情----------Details----------

The algorithm correlates the EIC of a every peak with all others, to find the peaks that belong to one substance. LC/MS data should grouped with groupFWHM first.  This step reduce the runtime a lot and increased the number of correct classifications. Only correlation with a higher value than the correlation threshold and significant p-values will be returned.
该算法相关的每峰与其他所有的EIC，找到属于一种物质的峰。 LC / MS数据分组groupFWHM第一。这一步减少很多运行和提高正确分类的数目。相关价值较高的相关性阈值和显着的P-值比只将被退回。


值----------Value----------

A matrix with 4 columns:
一个4列的矩阵：


参数：x
peak index  
峰值指数


参数：y
peak index  
峰值指数


参数：cor
correlation value  
相关值


参数：ps
pseudospectrum index, which contains x and y  
伪谱指数，其中包含x和y


作者（S）----------Author(s)----------


Carsten Kuhl <ckuhl@ipb-halle.de>



参见----------See Also----------

calcCaS groupCorr getAllPeakEICs xsAnnotate-class
calcCaSgroupCorrgetAllPeakEICsxsAnnotate-class

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