R语言 TRAMPR包 TRAMPsamples()函数中文帮助文档(中英文对照)

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TRAMPsamples(TRAMPR)
TRAMPsamples()所属R语言包：TRAMPR

                                        TRAMPsamples Objects
                                         TRAMPsamples对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions create and interact with TRAMPsamples objects (collections of TRFLP patterns).  Samples contrast with “knowns” (see TRAMPknowns) in that samples contain primarily unidentified profiles.  In contrast with knowns, samples may have many peaks per enzyme/primer combination.
这些函数创建和互动TRAMPsamples对象（TRFLP模式的集合）。 “已知”（见TRAMPknowns）中，样品与样品对比，主要包含身份不明的配置文件。在已知的对比，样品可能有许多山峰每酶/引物组合。


用法----------Usage----------


TRAMPsamples(data, info=NULL, warn.factors=TRUE, ...)

## S3 method for class 'TRAMPsamples'
labels(object, ...)
## S3 method for class 'TRAMPsamples'
summary(object, include.info=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
data.frame containing peak information.
数据框包含峰值信息。


参数：info
(Optional) data.frame, describing individual samples (see Details for definitions of both data.frames).  If this is omitted, a basic data.frame will be generated.
（可选）数据框，说明个别样品（见详情的定义都data.frames的）。如果此被省略，将生成一个基本的数据框。


参数：warn.factors
Logical: Should a warning be given if any columns in info or data are converted into factors?
逻辑：应给予警告，如果任何列在info或data被转换成因素？


参数：object
A TRAMPsamples object.
ATRAMPsamples对象。


参数：include.info
Logical: Should the output be augmented with the contents of the info component of the TRAMPsamples object?
逻辑：输出增强与info组成部分TRAMPsamples对象的内容吗？


参数：...
TRAMPsamples: Additional objects to incorportate into a TRAMPsamples object.  Other methods: Further arguments passed to or from other methods.
TRAMPsamples：额外的的对象的incorportate成TRAMPsamples对象。其他方法：通过进一步的论据或其他方法。


Details

详细信息----------Details----------

The object has at least two components, which relate to each other (in the sense of a relational database). info holds information about the individual samples, and data holds information about individual peaks (many of which belong to a single sample).
该对象至少有两个组件，这些组件之间的相互关系（在这个意义上的关系型数据库）。 info持有的个别样本的信息，和data持有个人信息峰（其中许多属于单个样品）。

Column definitions:
列定义：

info:
info：




sample.pk Unique positive integer, used to identify
sample.pk唯一的正整数，用于标识




species Character, giving species name if samples were collected from an identified species.  If this column is
species字符，如果样品分别采自识别的物种的种名。如果此列

data:
data：




sample.fk Positive integer, indicating which sample the peak belongs to (by matching against info$sample.pk)
sample.fk正整数，表示样品的峰属于（匹配info$sample.pk）




primer: Character, giving the name of the primer
primer：字符，给出的引物的名称




enzyme: Character, giving the name of the
enzyme：字符，提供的名称




size Numeric, giving size (in base pairs) of the
size数字，给人的大小（碱基对）的




height Numeric, giving the height (arbitrary units)
height数字，给人的高度（任意单位）

Additional columns are allowed (and ignored) in both data.frames, and will be retained.  This allows notes on data quality and treatments to be easily included.  Additional objects are allowed as part of the TRAMPsamples object; any extra objects passed (via ...) will be included in the final TRAMPsamples object.
允许其他列（忽略）在这两个data.frames，将被保留。这使得可以很容易地包括数据质量和治疗上的说明。允许其他对象的TRAMPsamples对象的一部分;通过任何额外的对象（通过...）将包含在最终TRAMPsamples对象。

If info is omitted, then a basic data.frame will be generated, containing just the unique values of sample.fk, and NA for species.
如果info被省略，然后会产生一个基本的数据框，只包含唯一值的sample.fk，NAspecies。


值----------Value----------


参数：TRAMPsamples
A new TRAMPsamples object, as described above.
一个新的TRAMPsamples对象，如上所述。


参数：labels.TRAMPsamples
A sorted vector of the unique samples present in x (from info$sample.pk).
的排序向量的独特样本出现在x（info$sample.pk）。


参数：summary.TRAMPsamples
A data.frame, with the number of peaks per enzyme/primer combination, with each sample (indicated by sample.pk) as rows and each combination (in the format <primer>_<enzyme>) as columns.
甲数据框，每个酶/引物组合的数目的峰值，每个样品（表示由sample.pk）作为行和每个组合（在格式<primer>_<enzyme>）为列。


注意----------Note----------

Across a TRAMPsamples object, primer and enzyme names must be exactly the same (including case and whitespace) to be considered the same.  For example "ITS4", "Its4", "ITS4 " and "ITS 4" would be considered to be four different primers.
在整个TRAMPsamples对象，引物和酶的名称必须完全相同（包括案例和空白的）被认为是相同的。例如"ITS4"，"Its4"，"ITS4 "和"ITS 4"将被认为是四个不同的引物。

Factors will not merge correctly (with combine.TRAMPsamples).  TRAMPsamples will attempt to catch factor columns and convert them into characters for the info and data data.frames.  Other objects (passed as part of ...) will not be altered.
因素不会合并（用combine.TRAMPsamples）。 TRAMPsamples将尝试，赶上因素列，并将其转换成字符info和datadata.frames。其他对象（通过为部分...）不会被改变。


参见----------See Also----------

plot.TRAMPsamples and summary.TRAMPsamples, for plotting and summarising TRAMPsamples objects.
plot.TRAMPsamples和summary.TRAMPsamples，TRAMPsamples对象的策划和总结。

TRAMPknowns, which constructs an analagous object to hold &ldquo;knowns&rdquo; data.
TRAMPknowns，这构造一个analagous的对象持有“已知”的数据。

TRAMP, for analysing TRAMPsamples objects.
TRAMP，为分析TRAMPsamples对象。

load.abi, which creates a TRAMPsamples object from Gene Mapper (Applied Biosystems) output.
load.abi，它创建了一个TRAMPsamples对象从基因制图仪（Applied Biosystems）上输出。

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