R语言 CALIB包 RGList_CALIB-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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RGList_CALIB-class(CALIB)
RGList_CALIB-class()所属R语言包：CALIB

                                        Red, Green Intensity List - Class  
                                         红，绿强名单 - 类

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A simple list-based class for storing red and green channel foreground and  background intensities for a batch of spotted microarrays. It is a extension of
基于一个简单的列表类用于存储一批发现芯片的红色和绿色通道的前景和背景强度。这是一个扩展


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("RGList_CALIB", RG), where RG is a list. In the CALIB package, RGList\_CALIB objects are normally generated by read.rg.
创建对象可以通过检测的形式new("RGList_CALIB", RG)，RG是一个列表。在的CALIB包，RGList \ _CALIB对象通常是产生read.rg。


列表组件----------List Components----------

objects should contain the following list components:
对象应包含以下列表中的组件：




R:  numeric matrix containing the red(Cy5) foreground intensities.
R：数字矩阵包含红色（Cy5的）前景强度。




G:  numeric matrix containing the green(Cy3) foreground intensities.
G：数字矩阵含绿色（Cy3标记）前景强度。




Rb:  numeric matrix containing the red(Cy5) background intensities.
Rb：数字矩阵包含红色（Cy5的）背景强度。




Gb:  numeric matrix containing the green(Cy3) background intensities.
Gb：数字矩阵含绿色（Cy3标记）背景强度。




RArea:  numeric matrix containing the red(Cy5) spot areas.
RArea：数字矩阵包含红色（Cy5标记）热点区域。




GArea:  numeric matrix containing the green(Cy3) spot areas.
GArea：数字矩阵含绿色（Cy3标记）的热点区域。

Optional components include:
可选组件包括：




weights:  numeric matrix containing relative spot quality weights.
weights：数字矩阵含有相对现货质量权重。




printer:  list containing information on the process used to print
printer过程中的信息列表，其中包含用于打印




genes:  data.frame containing information on the genes spotted on the arrays. Should include a character column Name containing names for the
genes：数据框包含阵列上发现的基因信息。应包括一个字符列名称包含名称为




targets:  data.frame containing information on the target RNA samples. Should include factor or character columns Cy3 and Cy5 specifying which RNA was
targets：数据框包含对目标RNA样品的信息。应包括的因素或字符列Cy3和Cy5指定哪些RNA是




other:  list containing numeric matrices of other spot-specific information.
other：列表，其中包含其他点的具体信息的数字矩阵。

All of the matrices should have the same dimensions. The row dimension of targets should match the column dimension of the matrices.  
所有的矩阵应该有相同的尺寸。行维度的目标应符合列维度的矩阵。


延伸----------Extends----------

Class "list", from data part. Class "LargeDataObject", directly. Class "vector", by class "list".
类"list"，从数据的一部分。类"LargeDataObject"，直接。类"vector"类"list"。


方法----------Methods----------

This class inherits directly from class List so any operation appropriate for lists will work on objects of this class. In addition, RGList\_CALIB objects can be subsetted, combined and merge. RGList\_CALIB objects will return dimensions and hence functions such as dim, dimnames, nrow and ncol are defined. RGList\_CALIB also inherit a show method from the virtual class LagerDataObject, which means that RGList\_CALIB objects will print in a compact way.
这个类直接继承自类名单列表的适当的任何操作，所以将这个类的对象。此外，RGList \ _CALIB对象可以是subsetted，combined和merge。 RGList \ _CALIB对象将返回尺寸和功能，如dim，dimnames，nrow和ncol定义。 RGList \ _CALIB也继承虚拟类show，这意味着，RGList \ _CALIB对象将打印在一个紧凑的方式LagerDataObject方法。

In the CALIB package, RGList\_CALIB objects are mainly for storing microarray data and they are used to pass microarray data into functions such as estimateParameter or normalizeData.
在的CALIB包，RGList \ _CALIB对象主要是用于存储芯片的数据，并用它们来传递到微阵列数据的功能，如estimateParameter或normalizeData。


作者（S）----------Author(s)----------


Hui Zhao



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>RGList</code> and <code>LargeDataObject</code> in limma packge.
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注：
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