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R语言 CALIB包 read.spike()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 14:01:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
read.spike(CALIB)
read.spike()所属R语言包:CALIB

                                         Read SpikeList from a RGList\_CALIB and Concentration files
                                         从1 RGList \ _CALIB和浓度文件阅读SpikeList

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads a SpikeList from a given RGList\_CALIB object and user specified concentration files
读取从一个给定的RGList \ _CALIB对象和用户指定的浓度文件SpikeList


用法----------Usage----------


read.spike(RG, file = NULL, path = NULL, ext = NULL, sep = "\t", conccol,
           regexpcol, different = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数:RG
a RGList_CALIB object.
RGList_CALIB对象。


参数:file
character string giving the name of the concentration file.
字符串浓度的文件的名称。


参数:path
character string giving the directory containing the file. Can be omitted if the file is in the current working directory.
字符串,包含文件的目录。如果该文件在当前工作目录是可以省略。


参数:ext
character string giving optional extension to be added to each file name.
被添加到每个文件名字符串,可选的扩展。


参数:sep
field separator character.
字段分隔符。


参数:conccol
list with fields RConc, GConc giving the column names to be used for red and green concentration in the concentration file.
与字段列表RConc,GConc为红色和绿色的浓度浓度的文件中使用的列名。


参数:regexpcol
character vector giving regular expressions in the  concentration file.
特征向量给正则表达式中的浓度文件。


参数:different
a logical value. TRUE means that different arrays use  different spikes. So every array should have one concentration file.  FALSE means that different arrays use the same spike and only one  concentration file is needed. Default is FALSE.
一个逻辑值。 TRUE意味着不同的阵列,使用不同的尖峰。因此,每一个数组应该有一个集中的文件。 FALSE意味着不同的阵列,使用相同的尖峰,只需要一个集中的文件。默认FALSE。


参数:...
any other arguments are passed to read.table.  
任何其他的参数被传递到read.table。


Details

详情----------Details----------

This is the function to generate SpikeList in the CALIB package. SpikeList  contains all the information for the spikes. This function exacts foreground  and background intensities and spot area from RGList\_CALIB, which is generated from  funtion read.rg. Also this funtion reads concentrations  for each spike from a user-specified concentration file (or more than one  concentration files if different arrays use different spikes).
这是函数生成SpikeList CALIB包。 SpikeList包含尖峰的所有信息。此功能需要付出RGList \ _CALIB,这是从的funtionread.rg生成的前台和后台的强度和名胜区。这个funtion读取为每个用户指定的浓度文件尖峰浓度(或多个浓度的文件,如果使用不同的阵列不同的尖峰)。

For the concentration file, it should contain the following columns: regular expression, red and green concentrations and spike type. Spike type should be in the set of Calibration,<br> Ratio and Negative.
为集中文件,它应该包含以下几列:正则表达式,红色和绿色的浓度和穗型。穗型,应该是在一套Calibration参考Ratio和Negative。

See the CALIB User's Guide for the example of this function.
看到这个函数的例子CALIB用户指南。


值----------Value----------

An SpikeList object containing the components
SpikeList对象,其中包含的组件


参数:R
matrix containing the red channel foreground intensities for each spot for each array.
当场为每个阵列的每个矩阵包含红色通道前景强度。


参数:G
matrix containing the green channel foreground intensities for each spot for each array.
当场为每个阵列的每个矩阵包含绿色通道前景强度。


参数:Rb
matrix containing the red channel background intensities for each spike for each array.
矩阵包含红色通道的背景强度,每穗每个阵列。


参数:Gb
matrix containing the green channel background intensities for each spike for each array.
矩阵包含每个阵列的每个穗的背景强度的绿色通道。


参数:RArea
matrix containing the red spot area for each spike for each array.
矩阵包含为每个阵列的每穗红点区域。


参数:GArea
matrix containing the green spot area for each spike for each array.
矩阵每穗每个阵列包含绿色名胜区。


参数:RConc
matrix containing the red concentration for each spike for each array.
矩阵为每个阵列包含每穗红浓度。


参数:GConc
matrix containing the green concentration for each spike for each array.
矩阵每穗每个阵列包含绿色的浓度。


参数:genes
data frame containing annotation information about the probes,  for example, spike types and IDs and spatial positions on the array
数据框,其中包含有关探针的注释信息,例如,穗型和ID和空间位置上的阵列


作者(S)----------Author(s)----------


Hui Zhao



参考文献----------References----------

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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