R语言 CALIB包 plotSpikeRG()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotSpikeRG(CALIB)
plotSpikeRG()所属R语言包：CALIB

                                         plot spike intensity R vs G
                                         积穗强度ŕ与Ğ

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot red intensity vs green intensity of spikes.
图红色强度与绿色的尖峰强度。


用法----------Usage----------


plotSpikeRG(spike,parameter,RG,array = 1, bc = FALSE, area = TRUE,
            xlab = "log(Rintensity)", ylab = "log(Gintensity)",
            main = colnames(spike$R)[array], onlycalib = FALSE,
            xlim = NULL, ylim = NULL, pch = 19, cex = 0.3, col = "black",
            allpch = 19, allcex = 0.05, allcol = "lightgrey", diag = TRUE,
            diagcol = "grey", diaglwd = 1, curvecol = "blue",
            curvelwd = 1.5, calibtype = 1, adjusttype = 4, ...)



参数----------Arguments----------

参数：spike
a SpikeList object.
SpikeList对象。


参数：parameter
a ParameterList object..  If parameter argument is sepcified, model curves are shown on the plot.  
ParameterList object.。如果parameter参数sepcified的的，模型曲线上显示的图。


参数：RG
a RGList_CALIB       object. If parameter argument is specified, this argument is obligated. More description in Detail section.
RGList_CALIB       object。如果parameter参数指定，这种说法是有责任。更多详图描述。


参数：array
integer giving the array to be plotted.  
整数，要绘制的数组。


参数：bc
  a logical value. TRUE means background corrected measured  intensities are used. Default is FALSE.
一个逻辑值。 TRUE意味着使用背景校正测量强度。默认FALSE。


参数：area
  a logical value. TRUE means spot area is used to calculate  measured intensities. Namly, measured intensities are calculated by  foreground intensities(or background corrected intensities, if bc is  TRUE) multiply spot area. FALSE means spot area is not used. Default is TRUE.
一个逻辑值。 TRUE意味着名胜区被用来计算测量强度。 namly，测得的强度计算前景强度（或背景校正强度，如果BCTRUE）乘以名胜区。 FALSE意味着不使用名胜区。默认TRUE。


参数：xlab
a title for the x axis.
X轴的标题。


参数：ylab
a title for the y axis.
为Y轴的标题。


参数：main
an overall title for the plot.
图的总冠军。


参数：onlycalib
a logical value. TRUE means only the calibration controls are on  the plot. FALSE means to plot all the spikes
一个逻辑值。 TRUE意味着只有校准控制图。 FALSE意味着绘制所有的尖峰


参数：xlim
the x limits (min,max) of the plot.
的X限制（最小值，最大值）的图。


参数：ylim
the y limits (min,max) of the plot.
在y限制（最小值，最大值）的图。


参数：pch
an integer code for one of a set of plotting characters or symbols for the spike data set. Default is 21.
一套绘制尖峰数据集的字符或符号的整数代码。默认是21。


参数：cex
a numerical value giving the amount by which the points which  indicate spike data set should be scaled relative to the default. Default is 0.3.
一个数值给点，这表明尖峰数据集应调整相对于默认的金额。默认值是0.3。


参数：col
the color of the points indicating spike data set. Default is black.
表明穗组数据点的颜色。默认为黑色。


参数：allpch
an integer code for one of a set of plotting characters or symbols for the spike data set. Default is 19.  
一套绘制尖峰数据集的字符或符号的整数代码。默认值是19。


参数：allcex
a numerical value giving the amount by which the points which  indicate all data set should be scaled relative to the default. Default is 0.05.  
一个数值给点，这表明所有数据集应调整相对于默认的金额。默认值是0.05。


参数：allcol
the color of the points indicating all data set. Default is lightgrey.
显示所有数据集点的颜色。默认是浅灰。


参数：diag
a logical value. Add diagonal on the plot if it is TRUE. Default is TRUE.
一个逻辑值。添加图的对角线如果是TRUE。默认TRUE。


参数：diagcol
the color of the diagonal. Default is grey.
对角线的颜色。默认是灰色的。


参数：diaglwd
the width of the diagonal. Default is 1.
对角宽度。默认为1。


参数：curvecol
the color of the model curves. Default is blue.
模型曲线的颜色。默认为蓝色。


参数：curvelwd
the width of the model curves for calibration control spikes. Default is 1.5.
模型的宽度曲线校准控制尖峰。默认值是1.5。


参数：calibtype
the line type of the model curves for  calibration control spikes. Default is 1.
线路类型的模型曲线校准控制尖峰。默认为1。


参数：adjusttype
the line type of the model curves (using parameter after adjustment) for calibration control spikes. Default is 4.
模型曲线校准控制尖峰（使用调整后的参数）的线路类型。默认值为4。


参数：...
other graphical parameters can be used in function plot.  
其他图形参数，可以使用在函数plot。


Details

详情----------Details----------

The function plots red vs green measured intensities of spikes of one array.  The argument array gives the array index to be plotted.
函数图红与绿衡量一个数组尖峰的强度。参数array给出了要绘制的数组索引。

If parameter estimation is done, the model curves can be plotted by giving the argument parameter. And if the argument parameter is specified, the argument RG is obligated. The combination of these two arguments is used to compare how the model fits to the spike and to the whole data set. More details about the usage of this function refers to the readme file of this package.
如果进行参数估计，模型曲线可以绘制参数parameter。如果参数parameter指定的参数RG义务。这两个参数的组合被用来比较模型如何适应的扣球和整个数据集。有关使用此功能的更多细节，是指这个包的自述文件。

It supports different ways to calculate the measured intensities.  Arguments bc and area are logical and their combinations are used  for specifying four differents ways. bc indicates using background correction or not. area indicates multipling spot area or not. The default value of these two arguments are bc = FALSE and area = TRUE.
它支持不同的方式来计算测得的强度。参数bc和area逻辑和他们的组合指定四个differents方式的使用。 bc表示使用背景校正与否。 area表示乘以名胜区或不是。 bc= FALSE和area= TRUE，这两个参数的默认值。

see other graphic functions for the other arguments.
看到其他参数其他图形功能。


值----------Value----------

A plot is created on the current graphics device.
当前图形设备上创建一个图。


作者（S）----------Author(s)----------


Hui Zhao



举例----------Examples----------


# load data: spike[负载数据：穗]
data(spike)

# specify the array to be plotted.[指定要绘制的数组。]
array <- 1

# use the default values for other arguments[其他参数使用默认值]
plotSpikeRG(spike,array=array)

# after parameter estimation, the model curves can be shown on the plot.[后的参数估计，模型曲线可以在图上所示。]
data(parameter)
data(RG)
plotSpikeRG(spike,parameter,RG)


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