R语言 CALIB包 plotSpikeCI()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotSpikeCI(CALIB)
plotSpikeCI()所属R语言包：CALIB

                                         plot spike concentration vs measured intensity
                                         积穗浓度与测量强度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot spike known concentration and measured intensity of one array.
积穗已知浓度和实测强度的一个数组。


用法----------Usage----------


plotSpikeCI(spike, parameter,array = 1, bc = FALSE, area = TRUE,
            meanpoint = TRUE,xlab = "log(Concentration)",
            ylab = "log(Intensity)", main = colnames(spike$R)[array],
            onlycalib = TRUE, xlim = NULL, ylim = NULL, pch = 19,
            cex = 0.2, meanpch = 21, meancex = 1, lwd = 1.5,
            cy5col = "red", cy3col = "green", ...)



参数----------Arguments----------

参数：spike
a SpikeList object.
SpikeList对象。


参数：parameter
a ParameterList object.
ParameterList对象。


参数：array
integer giving the array to be plotted.  
整数，要绘制的数组。


参数：bc
a logical value. TRUE means background corrected measured  intensities are used. Default is FALSE.
一个逻辑值。 TRUE意味着使用背景校正测量强度。默认为false。


参数：area
  a logical value. TRUE means spot area is used to calculate  measured intensities. Namly, measured intensities are calculated by  foreground intensities(or background corrected intensities, if bc is  TRUE) multiply spot area. FALSE means spot area is not used. Default is TRUE.
一个逻辑值。 TRUE意味着名胜区被用来计算测量强度。 namly，测得的强度计算前景强度（或背景校正强度，如果BCTRUE）乘以名胜区。 FALSE意味着不使用名胜区。默认TRUE。


参数：meanpoint
a logical value. TRUE is to show meanpoint of measured intensities with the same concentration on the plot. FALSE means not show.  
一个逻辑值。 TRUE是为了显示与相同浓度的测量强度meanpoint的图。 FALSE是指没有显示。


参数：xlab
a title for the x axis.
X轴的标题。


参数：ylab
a title for the y axis.
为Y轴的标题。


参数：main
an overall title for the plot.
图的总冠军。


参数：onlycalib
a logical value. TRUE means only the calibration controls are on  the plot. FALSE means to plot all the spikes
一个逻辑值。 TRUE意味着只有校准控制图。 FALSE意味着绘制所有的尖峰


参数：xlim
the x limits (min,max) of the plot.
的X限制（最小值，最大值）的图。


参数：ylim
the y limits of the plot.
图的Y限制。


参数：pch
a integer code for one of plotting characters or symbols for the spike data set. Default is 21.
为绘制尖峰数据集的字符或符号的整数代码。默认是21。


参数：cex
a numerical value giving the amount by which the points which indicate spike data set should be scaled relative to the default. Default is 0.4.
一个数值给点，这表明尖峰数据集应调整相对于默认的金额。默认值是0.4。


参数：meanpch
a integer code for one of plotting characters or symbols for the meanpoints. Default is 21.
整数代码为绘制字符或为meanpoints的符号之一。默认是21。


参数：meancex
a numerical value giving the amount by which the meanpoints should be scaled relative to the default value. Default is 1.
给予量应调整的meanpoints相对默认值的数值。默认为1。


参数：lwd
width of the model curves. Default is 1.5.
模型曲线的宽度。默认值是1.5。


参数：cy5col
color of all symbols for cy5. Default is red.
CY5所有符号的颜色。默认是红色的。


参数：cy3col
color of all symbols for cy3. Default is green.
CY3所有符号的颜色。默认是绿色的。


参数：...
other graphical parameters can be used in function plot.
其他图形参数，可以使用在函数plot。


Details

详情----------Details----------

The function plots spike concentration and measured intensity of one array.  array number is specified by the argument array. It accepts the concentration of given array from the agrument spike, which is a SpikeList object. The measured intensities are calculated from spike. Four different ways can be used to calculate the measured intensities. Arguments bc and area are  logical and their combinations are used for specifying the four differents ways.  bc indicates using background correction or not. area indicates multipling  spot area or not. The default value of these two arguments are bc = FALSE and  area = TRUE.
函数曲线尖峰浓度和实测强度的一个数组。数组指定参数array。它接受的agrument spike，这是一个SpikeList对象给定数组中的浓度。从spike测得的强度计算。四种不同的方法可用于测量强度的计算。参数bc和area是逻辑的指定四个differents方式使用组合。 bc表示使用背景校正与否。 area表示乘以名胜区或不是。 bc= FALSE和area= TRUE，这两个参数的默认值。

In order to help data visualization, meanpoints and model curve can be added on the plot. And the arguments meanpoint and parameter are correspond to these. The meadians of every group of measured intensities which have the same concentration  are shown on the polt if meanpoint is true. Model curves of both dye are  shown if the arguement parameter is specified after parameter estimation.
为了帮助数据可视化，meanpoints和模型曲线可以添加图。和参数meanpoint和parameter是对应于这些。如果POLT meanpoint是真实的显示在每个组具有相同浓度的测量强度meadians。如果的arguementparameter指定参数估计后两种染料的模型曲线显示。


值----------Value----------

A plot is created on the current graphics device.
当前图形设备上创建一个图。


作者（S）----------Author(s)----------


Hui Zhao



参见----------See Also----------

see graphic functions plot, par
看到图形功能plot，par


举例----------Examples----------


# load data: spike[负载数据：穗]
data(spike)

# specify the array to be plotted.[指定要绘制的数组。]
array <- 1

# use the default values for other parameters.[其他参数使用默认值。]
plotSpikeCI(spike,array=array)

# after parameter estimation, the model curves can be shown on the plot.[后的参数估计，模型曲线可以在图上所示。]
data(parameter)
plotSpikeCI(spike,parameter,array=array)

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