R语言 BSgenome包 GenomeDescription-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

GenomeDescription-class(BSgenome)
GenomeDescription-class()所属R语言包：BSgenome

                                        GenomeDescription objects
                                         GenomeDescription对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A GenomeDescription object holds the meta information describing a given genome.
一个GenomeDescription对象持有的元信息，描述一个给定的基因组。


Details

详情----------Details----------

In general the user will not need to manipulate directly a GenomeDescription instance but will manipulate instead a higher-level object that belongs to a class containing the GenomeDescription class. For example the top-level object defined in any BSgenome data package is a BSgenome object. But because the BSgenome class contains the GenomeDescription class, it is also a GenomeDescription object and can therefore be treated as such. In other words all the methods described below will work on it.
一般用户不需要直接操作GenomeDescription实例，但会操纵，而不是更高级别的对象，属于一类包含GenomeDescription类。例如在任何BSgenome数据包中定义的顶层对象是一个BSgenome对象。但因为的BSgenome类包含GenomeDescription的类，它也是1 GenomeDescription对象，因此，可以这样对待。换句话说，所有的方法介绍如下工作就可以了。


存取方法----------Accessor methods----------

In the code snippets below, x is a GenomeDescription object.
在下面的代码片段，x是GenomeDescription对象。

organism(x): Return the target organism for this genome e.g. "Homo sapiens", "Mus musculus", "Caenorhabditis elegans", etc...
organism(x)：返回这个基因，如目标有机体"Homo sapiens"，"Mus musculus"，"Caenorhabditis elegans"，等等。

species(x): Return the target species for this genome e.g. "Human", "Mouse", "Worm", etc...
species(x)：返回这个基因，如目标物种"Human"，"Mouse"，"Worm"，等等。

provider(x): Return the provider of this genome e.g. "UCSC", "BDGP", "FlyBase", etc...
provider(x)：返回这个基因组，例如供应商"UCSC"，"BDGP"，"FlyBase"，等等。

providerVersion(x): Return the provider-side version of this genome. For example UCSC uses versions "hg18", "hg17", etc... for the different Builds of the Human genome.
providerVersion(x)：返回这个基因组的供应商端版本。例如加州大学圣克鲁兹分校使用的版本"hg18"，"hg17"等......为人类基因组的不同版本。

releaseDate(x): Return the release date of this genome e.g. "Mar. 2006".
releaseDate(x)：返回这个基因，例如发行日期"Mar. 2006"。

releaseName(x): Return the release name of this genome, which is generally made of the name of the organization who assembled it plus its Build version. For example, UCSC uses "hg18" for the version of the Human genome corresponding to the Build 36.1 from NCBI hence the release name for this genome is "NCBI Build 36.1".
releaseName(x)：返回这个基因组的名称发布，这是一般组织组装，加上其构建版本的名称。例如，加州大学圣克鲁兹分校使用"hg18"从NCBI人类基因组的版本对应的生成36.1因此这个基因组释放的名字是"NCBI Build 36.1"。

bsgenomeName(x): Uses the meta information stored in x to make the name of the corresponding BSgenome data package (see available.genomes for details about the naming scheme used for those packages). Of course there is no guarantee that a package with that name actually exists.
bsgenomeName(x)：使用元数据信息存储在x的的相应BSgenome数据包（这些包所用的命名方案的详细信息available.genomes）的名称。当然，也不能保证，具有该名称的包确实存在。


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages



参见----------See Also----------

available.genomes, BSgenome-class
available.genomes，BSgenome级


举例----------Examples----------


  library(BSgenome.Celegans.UCSC.ce2)
  class(Celegans)
  is(Celegans, "GenomeDescription")
  provider(Celegans)
  gendesc <- as(Celegans, "GenomeDescription")
  class(gendesc)
  gendesc
  provider(gendesc)
  bsgenomeName(gendesc)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。