R语言 BSgenome包 GenomeDataList-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GenomeDataList-class(BSgenome)
GenomeDataList-class()所属R语言包：BSgenome

                                        List of GenomeData objects
                                         GenomeData对象名单

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

GenomeDataList is a list of GenomeData objects. It could be useful for
GenomeDataList是GenomeData对象的名单。这可能是有用的


Details

详情----------Details----------

This class inherits from SimpleList and requires that all of its elements to be instances of GenomeData.
这个类继承从SimpleList，并要求其所有元素是GenomeData的实例。

One should try to take advantage of the metadata storage facilities provided by SimpleList. The elementMetadata field, for example, could be used to store the experimental design, while the metadata field could store the experimental platform.
我们应尽量采取SimpleList提供的元数据存储设施的优势。 elementMetadata领域，例如，可以用来存储实验设计，而metadata字段可以存储的实验平台。


构造----------Constructor----------

GenomeDataList(listData = list(), metadata = list(),    elementMetadata = NULL): Creates a GenomeDataList with the elements from the listData parameter, a list of GenomeData instances. The other arguments correspond to the optional metadata stored in SimpleList.
GenomeDataList(listData = list(), metadata = list(),    elementMetadata = NULL)：创建GenomeDataList参数，listData实例列表中的元素GenomeData的。其它参数对应于可选的元数据存储在SimpleList。


强迫----------Coercion----------




as(from, "data.frame"): Coerces each subelement to a data frame, and binds them into a single data frame with an additional column indicating chromosome
as(from, "data.frame")：胁迫每个子元素到一个数据框，并结合成一个额外的列指示染色体的单个数据框


减少----------Reduction----------




gdreduce(f, ..., init, right=FALSE, accumulate=FALSE, gdArgs=list()):
gdreduce(f, ..., init, right=FALSE, accumulate=FALSE, gdArgs=list())：

Currently this method works when a single GenomeDataList is provided as .... It successively combines the GenomeData elements in the GenomeDataList using f. f is a function accepting two objects returned by "[[" applied to the successive GenomeData elements of ..., returning a single GenomeData object to be used in subsequent calls to f. init, right, and accumulate are as described for Reduce.  gdArgs can be used to provide metadata information to the constructor used to create the final GenomeData object.
目前，这种方法适用单一GenomeDataList...的。先后结合GenomeData用GenomeDataListf元素。 f是一个函数接受"[["连续GenomeData...元素，在随后的调用返回一个单一的GenomeData对象返回两个对象f。 init，right，accumulate的Reduce描述。 gdArgs可以用来提供元数据信息，以用于创建最终GenomeData对象的构造。


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Lawrence



参见----------See Also----------

GenomeData, the type of elements stored in this class. SimpleList
GenomeData，在这个类中的元素的类型。 simplelist中


举例----------Examples----------


gd <- GenomeData(list(chr1 = IRanges(1, 10), chrX = IRanges(2, 5)),
                 organism = "Mmusculus", provider = "UCSC",
                 providerVersion = "mm9")
gdl <- GenomeDataList(list(gd), elementMetadata = DataFrame(induced = TRUE))
gdl[[1]] # get first element[得到的第一个元素]

gdr <- gdreduce(function(x, y) {
    ## "[[" returns IRanges instances, construct a synthetic version[＃“[”回报IRanges情况下，构建一种人工合成的版本]
    IRanges(c(start(x), start(y)), c(end(x), end(y)))
}, GenomeDataList(list(gd, gd[2])))
gdr[["chr1"]]
gdr[["chrX"]]

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