R语言 BSgenome包 available.genomes()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

available.genomes(BSgenome)
available.genomes()所属R语言包：BSgenome

                                        Find available/installed genomes
                                         发现/安装的基因组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

available.genomes gets the list of BSgenome data packages that are currently available on the Bioconductor repositories for your version of R/Bioconductor. installed.genomes gets the list of BSgenome data packages that are already installed on your machine.
available.genomes得到的，目前正在对您的版本的R / Bioconductor Bioconductor库BSgenome数据包列表。 installed.genomes得到你的机器上已经安装BSgenome数据包列表。


用法----------Usage----------


available.genomes(type=getOption("pkgType"))
installed.genomes()



参数----------Arguments----------

参数：type
Character string indicating the type of package ("source", "mac.binary" or "win.binary") to look for.  
字符串，指示包（"source"，"mac.binary"或"win.binary"），以寻找的类型。


Details

详情----------Details----------

A BSgenome data package contains the full genome for a given organism. Its name has 4 parts separated by a dot (e.g. BSgenome.Celegans.UCSC.ce2). The 1st part is always BSgenome, the 2nd part is the name of the organism (abbreviated), the 3rd part is the name of the organisation who assembled the genome and the 4th part is the release string or number used by this organisation for this genome. A BSgenome data package contains a single top-level object (a BSgenome object) named like the second part of the package name  (e.g. Celegans in the case of BSgenome.Celegans.UCSC.ce2) where all the sequences for this genome are stored.
BSgenome数据包包含某一生物体的全基因组。它的名字由一个圆点（如BSgenome.Celegans.UCSC.ce2）分隔的4个部分。第一部分是始终BSgenome，第二部分是生物体的名称（略），第三部分是谁组装的基因组和第四部分是释放字符串或数字，由这个组织的这个基因用于该组织的名称。一个BSgenome数据包中包含一个单一的顶层对象（BSgenome对象），像这个基因组序列存储的包的名称（如情况BSgenome.Celegans.UCSC.ce2的Celegans）第二部分名为。


值----------Value----------

A character vector containing the names of the BSgenome data packages that are currently available (for available.genomes), or already installed (for installed.genomes).
一个特征向量包含的的BSgenome目前可用的数据包（available.genomes），或已安装（installed.genomes）。名称


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages



参见----------See Also----------

BSgenome-class, available.packages
BSgenome级，available.packages


举例----------Examples----------


  # What genomes are already installed:[已经安装了哪些基因组：]
  installed.genomes()

  # What genomes are available:[哪些基因是：]
  available.genomes()

  # Make your choice and install with:[让您的选择和安装：]
  source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
  biocLite("BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1")

  # Have a coffee ;-)[有一个咖啡;-)]

  # Load the package and display the index of sequences for this genome:[装入包，并显示这个基因组序列索引：]
  library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1)
  Scerevisiae

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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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