R语言 bridge包 bridge.2samples()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bridge.2samples(bridge)
bridge.2samples()所属R语言包：bridge

                                        Bayesian Robust Inference for Differential Gene Expression
                                         鲁棒贝叶斯推理的差异表达基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Test for differentially expressed genes in a two sample set-up. This code can be used with both cDNA microarrays or Affymetrix chips.  
在两个样本中差异表达基因的设置进行测试。此代码可以用cDNA微阵列或Affymetrix公司芯片。


用法----------Usage----------


bridge.2samples(sample1,sample2,B=1000,min.iter=0,batch=10,mcmc.obj=NULL,all.out=TRUE,affy=FALSE,verbose=FALSE,log=FALSE,robust=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：sample1
The matrix of intensity from the sample 1. Each row corresponds to a different gene.
从样品1矩阵的强度。每一行对应一个不同的基因。


参数：sample2
The matrix of intensity from the sample 2. Each row corresponds to a different gene.
从样品2矩阵的强度。每一行对应一个不同的基因。


参数：B
The number of iteration used in the MCMC algorithm.
MCMC算法的迭代次数。


参数：min.iter
The length of the burn-in period in the MCMC algorithm.min.iter should be less than B.  
MCMC算法在烧伤期间的长度。min.iter应该小于B


参数：batch
The thinning value to be used in the MCMC. Only every batch-th iteration will be stored.
细化值将用于在MCMC方法。只有每batch次迭代将被保存。


参数：mcmc.obj
An object of type bridge2, as returned by bridge.2samples. mcmc.obj is used to initialized the MCMC. If no mcmc.obj, the MCMC is initialized to the least squares estimates.
一个对象类型bridge2，返回bridge.2samples的。 mcmc.obj用于初始化的MCMC。如果没有mcmc.obj，初始化最小二乘估计的MCMC。


参数：all.out
A logical value indicating if all the parameters should be output. If all.out is FALSE, only the posterior mean is output. This could be used to save memory.  
一个逻辑值，指出如果所有的参数应该是输出。 all.out如果是FALSE，只有后平均输出。这可以用来节省内存。


参数：affy
A logical value indicating if the data correspond to affy data or cDNA microarray data. If affy=FALSE, a bivariate distribution is used.
一个逻辑值，表明如果数据符合affy数据或cDNA微阵列数据。如果affy = FALSE，二元分布。


参数：verbose
A logical value indicating if the current MCMC iteration number should be printed out.
一个逻辑值，指出应打印出来，如果当前的MCMC迭代次数。


参数：log
A logical value indicating if the data are log transformed.
一个逻辑值，表明如果数据log转化。


参数：robust
A logical value indicating if a t model (robust==TRUE) or a Gaussian model (robust==TRUE) should be used. In the case of the t-model, the degrees of freedoms are estimated.
一个逻辑值，指出如果在模型（robust==TRUE）或高斯模型（robust==TRUE）的应用。在T-模型的情况下，自由的程度估计。


Details

详情----------Details----------

This code fits a robust Bayesian hierarchical model for  testing for differential expression. Outliers are modeled explicitly using a $t$-distribution.  The model includes an exchangeable prior for the variances which allow different variances for the genes but still shrink extreme empirical variances. More details can be found in the references below.
此代码适合稳健贝叶斯测试差异表达的层次模型。离群建模明确使用$ T $分布。该模型包括交换前的差异，允许不同的基因差异，但仍缩小极端的实证差异。更多细节，可以发现在下面的参考资料。


值----------Value----------

An object of type bridge2 containing the sampled values from the posterior distribution.
bridge2包含从后验分布的采样值类型的对象。


参数：gamma1
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene effect in sample 1.
A矩阵，每一行包含从相应的基因的作用在样品1的采样值。


参数：gamma2
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene effect in sample 2.
A矩阵，每一行包含从相应的基因的作用在样品2的采样值。


参数：lambda.gamma1
A vector containing the sampled values for the precision of the gene effect prior in sample 1.
一个向量，包含精密的基因效应在样品1事先的采样值。


参数：lambda.gamma2
A vector containing the sampled values for the precision of the gene effect prior in sample 2.
一个向量，包含精密的基因效应前样品2的采样值。


参数：rho
A vector containing the sampled values from between sample correlation coefficient rho. If affy=TRUE, rho is identically zero.
一个向量，包含采样值之间的样本相关系数rho。如果affy = TRUE，rho恒为零。


参数：lambda_eps1
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene specific error precision in sample 1.
A矩阵，每一行包含从相应的基因样本1中的特定误差精度的采样值。


参数：lambda_eps2
A matrix, each row contains the sampled values from the corresponding gene specific error precision in sample 2.
A矩阵，每一行包含从相应的基因样本2的具体误差精度的采样值。


参数：a.eps1
A vector containing the sampled values for the mean of the prior of the error precisions in sample 1.
一个向量，包含前样品1的误差精度平均采样值。


参数：b.eps1
A vector containing the sampled values for the variance of the prior of the error precisions in sample 1.
含有变异前的样品1的误差精度的采样值的一个向量。


参数：a.eps2
A vector containing the sampled values for the mean of the prior of the error precisions in sample 2.
一个向量，包含前样品2的误差精度平均采样值。


参数：b.eps2
A vector containing the sampled values for the variance of the prior of the error precisions in sample 2.   
一个向量，包含样品2的误差精度事先方差的采样值。


参数：w1
A matrix, each element (i,j) correspond to the posterior mean of the sampled weights of replicate j in gene i and sample 1. To save memory, we only store the posterior mean of the weigths.
一个矩阵，每个元素（I，J）对应复制j基因I和样品1的权重采样后的平均值。为了节省内存，我们只能储存后平均的weigths的。


参数：nu1
A matrix containing the sampled degrees of freedom in sample 1.
A矩阵中含有样品1自由的采样度。


参数：w2
A matrix, each element (i,j) correspond to the posterior mean of the sampled weights of replicate j in gene i and sample 2. To save memory, we only store the posterior means of the weigths. If affy=FALSE, this is identically equal to w2 as we have a bivariate t-distribution.
一个矩阵，每个元素（I，J）对应复制j样本在基因I和样品2的重量后的平均值。为了节省内存，我们只存储的weigths后的手段。如果affy = FALSE时，这是相同的平等到W2，因为我们有一个二元t分布。


参数：nu2
A matrix containing the sampled degrees of freedom in sample 2. If affy=FALSE, this is identically equal to nu2 as we have a bivariate t-distribution.   
2样品中含有自由的采样度矩阵。如果affy = FALSE，这是因为我们有一个二元t分布相同的平等到NU2。


参数：p
The mixing proportion in the two component mixture.
在两个组分混合物的混合比例。


参数：post.p
The posterior probabilities of differential expression.
差异表达的后验概率。


参数：move
The proportion of moves between components. This should be used as a diagnostic tool.
移动组件之间的比例。这应作为一个诊断工具。


作者（S）----------Author(s)----------


Raphael Gottardo



参考文献----------References----------

Raphael Gottardo, Adrian E. Raftery, Ka Yee Yeung, and Roger Bumgarner Department of Statistics, University of Washington, Box 354322,

参见----------See Also----------

bridge.3samples
bridge.3samples


举例----------Examples----------


data(hiv)

bridge.hiv<-bridge.2samples(hiv[1:10,c(1:4)],hiv[1:10,c(5:8)],B=2000,min.iter=0,batch=1,mcmc.obj=NULL,verbose=FALSE,robust=TRUE)

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