R语言 biovizBase包 GCcontent()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GCcontent(biovizBase)
GCcontent()所属R语言包：biovizBase

                                        GC content computation for BSgenome
                                         GC为BSgenome内容计算

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute GC content in a certain region of a BSgenome object
计算GC含量，在一定区域一个BSgenome对象


用法----------Usage----------


GCcontent(obj, ..., view.width, as.prob = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：obj
BSgenome object
BSgenome对象


参数：...
Arguments passed to getSeq method for BSgenome package.
参数的传递到getSeq方法BSgenome包。


参数：view.width
Passed to letterFrequencyInSlidingView, the constant (e.g. 35, 48, 1000) size of the "window" to slide along obj.  The specified letters are tabulated in each window of length view.width. The rows of the result (see value) correspond to the various windows.
传递给letterFrequencyInSlidingView，不断的“窗口”的大小（如35，48，1000）滑动沿obj。指定letters都列在每个窗口的长度view.width。结果行（值），对应到不同的窗口。


参数：as.prob
If TRUE return percentage of GC content, otherwise return counts.
如果返回true GC含量百分比，否则返回计数。


Details

详情----------Details----------

GC content is an interesting variable may be related to various biological questions. So we need a way to compute GC content in a certain region of a reference genome.  GCcontent function is a wrapper around getSeq function in BSgenome package and letterFrequency, letterFrequencyInSlidingView in Biostrings package.
GC含量是一个有趣的变量，可能与各种生物的问题。因此，我们需要一种方法来计算在一定区域内的参考基因组GC含量。 GCcontent功能是围绕getSeq功能BSgenome包包装和letterFrequency，letterFrequencyInSlidingView的Biostrings包。

if the view.width is specified, the GC content will be computed
如果view.width指定，将计算GC含量


值----------Value----------

Numeric value indicate count or percentage
数值表示数量或百分比


作者（S）----------Author(s)----------


Tengfei Yin



举例----------Examples----------


library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
GCcontent(Hsapiens, GRanges("chr1", IRanges(1e6, 1e6 + 1000)))

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