R语言 Biostrings包 pid()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pid(Biostrings)
pid()所属R语言包：Biostrings

                                        Percent Sequence Identity
                                         ％的序列标识

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates the percent sequence identity for a pairwise sequence alignment.
成对序列比对，计算％的同源性。


用法----------Usage----------


pid(x, type="PID1")



参数----------Arguments----------

参数：x
a PairwiseAlignedXStringSet object.
PairwiseAlignedXStringSet对象。


参数：type
one of percent sequence identity. One of "PID1", "PID2", "PID3", and "PID4". See Details for more information.
一％的同源性。一个"PID1"，"PID2"，"PID3"，"PID4"。更多信息，请参阅。


Details

详情----------Details----------

Since there is no universal definition of percent sequence identity, the pid function calculates this statistic in the following types:
％的同源性，由于没有普遍的定义pid函数计算统计这在以下几种类型：

100 * (identical positions) / (aligned positions + internal gap positions)
100 *（相同的位置）/（对齐位置+内部差距立场）

100 * (identical positions) / (aligned positions)
100 *（相同的位置）/（对准位置）

100 * (identical positions) / (length shorter sequence)
100 *（相同的位置）/（长度较短的序列）

100 * (identical positions) / (average length of the two sequences)
100 *（相同的位置）/（两个序列的平均长度）


值----------Value----------

A numeric vector containing the specified sequence identity measures.
一个数值向量包含指定的同源性措施。


作者（S）----------Author(s)----------


P. Aboyoun



参考文献----------References----------


identity for protein sequence alignments, BMC Bioinformatics 2006, 7:415.

参见----------See Also----------

pairwiseAlignment, PairwiseAlignedXStringSet-class, match-utils
pairwiseAlignment，PairwiseAlignedXStringSet级的比赛utils


举例----------Examples----------


  s1 <- DNAString("AGTATAGATGATAGAT")
  s2 <- DNAString("AGTAGATAGATGGATGATAGATA")

  palign1 <- pairwiseAlignment(s1, s2)
  palign1
  pid(palign1)

  palign2 <-
    pairwiseAlignment(s1, s2,
      substitutionMatrix =
      nucleotideSubstitutionMatrix(match = 2, mismatch = 10, baseOnly = TRUE))
  palign2
  pid(palign2, type = "PID4")

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