R语言 Biostrings包 needwunsQS()函数中文帮助文档(中英文对照)

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needwunsQS(Biostrings)
needwunsQS()所属R语言包：Biostrings

                                        (Deprecated) Needleman-Wunsch Global Alignment
                                         （不推荐）Needleman文施全球对准

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Simple gap implementation of Needleman-Wunsch global alignment algorithm.
Needleman文施全球对齐算法的简单差距实施。


用法----------Usage----------


needwunsQS(s1, s2, substmat, gappen = 8)



参数----------Arguments----------

参数：s1, s2
an R character vector of length 1 or an XString object.
R字符向量长度1或XString的对象。


参数：substmat
matrix of alignment score values.
对齐得分值矩阵。


参数：gappen
penalty for introducing a gap in the alignment.
引入对齐差距的罚款。


Details

详情----------Details----------

Follows specification of Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison (1998). This function has been deprecated and is being replaced by pairwiseAlignment.
德宾，涡流，克罗，米奇森（1998）如下规范。此功能已被弃用，被替换pairwiseAlignment。


值----------Value----------

An instance of class "PairwiseAlignedXStringSet".
实例类"PairwiseAlignedXStringSet"。


作者（S）----------Author(s)----------


Vince Carey (<a href="mailto:stvjc@channing.harvard.edu">stvjc@channing.harvard.edu</a>) (original author) and H. Pages (current maintainer).



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

pairwiseAlignment, PairwiseAlignedXStringSet-class, substitution.matrices
的pairwiseAlignment，PairwiseAlignedXStringSet级，substitution.matrices


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  ## This function has been deprecated[＃此功能已被弃用]
  ## Use 'pairwiseAlignment' instead.[＃使用pairwiseAlignment“代替。]

  ## nucleotide alignment[＃核苷酸对齐]
  mat <- matrix(-5L, nrow = 4, ncol = 4)
  for (i in seq_len(4)) mat[i, i] <- 0L
  rownames(mat) <- colnames(mat) <- DNA_ALPHABET[1:4]
  s1 <- DNAString(paste(sample(DNA_ALPHABET[1:4], 1000, replace=TRUE), collapse=""))
  s2 <- DNAString(paste(sample(DNA_ALPHABET[1:4], 1000, replace=TRUE), collapse=""))
  nw0 <- needwunsQS(s1, s2, mat, gappen = 0)
  nw1 <- needwunsQS(s1, s2, mat, gappen = 1)
  nw5 <- needwunsQS(s1, s2, mat, gappen = 5)

  ## amino acid alignment[＃氨基酸对齐]
  needwunsQS("PAWHEAE", "HEAGAWGHEE", substmat = "BLOSUM50")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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