R语言 Biostrings包 misc()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

misc(Biostrings)
misc()所属R语言包：Biostrings

                                        Some miscellaneous stuff
                                         一些其他的东西

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Some miscellaneous stuff.
一些其他的东西。


用法----------Usage----------


N50(csizes)



参数----------Arguments----------

参数：csizes
A vector containing the contig sizes.  
包含重叠群大小的一个向量。


值----------Value----------

N50: The N50 value as an integer.
N50：N50价值为整数。


N50 contig的大小----------The N50 contig size----------

Definition The N50 contig size of an assembly (aka the N50 value) is the size of the largest contig such that the contigs larger than that have at least 50% the bases of the assembly.
定义集会N50 contig的大小（又名N50值）是规模最大的重叠群等，重叠群，至少有50％的组装碱基。

How is it calculated? It is calculated by adding the sizes of the biggest contigs until you reach half the total size of the contigs. The N50 value is then the size of the contig that was added last (i.e. the smallest of the big contigs covering 50% of the genome).
它是如何计算的？据计算，加入最大重叠群的大小，直到您到达的重叠群的总规模的一半。 N50的值，然后加入最后重叠群（即大的重叠群，覆盖50％的基因组中最小的）的大小。

What for? The N50 value is a standard measure of the quality of a de novo assembly.
为了什么？ N50的值是一个从头组装质量的衡量标准。


作者（S）----------Author(s)----------


Nicolas Delhomme <delhomme@embl.de>



参见----------See Also----------

XStringSet-class
XStringSet-级


举例----------Examples----------


  # Generate 10 random contigs of sizes comprised between 100 and 10000:[产生10重叠群包括100和10000之间的随机大小：]
  my.contig <- DNAStringSet(
                 sapply(
                   sample(c(100:10000), 10),
                   function(size)
                       paste(sample(DNA_BASES, size, replace=TRUE), collapse="")
                 )
               )

  # Get their sizes:[获取它们的大小：]
  my.size <- width(my.contig)

  # Calculate the N50 value of this set of contigs:[计算这组重叠群的N50值：]
  my.contig.N50 <- N50(my.size)

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