R语言 Biostrings包 MIndex-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MIndex-class(Biostrings)
MIndex-class()所属R语言包：Biostrings

                                        MIndex objects
                                         MIndex对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The MIndex class is the basic container for storing the matches of a set of patterns in a subject sequence.
MIndex类是存储一组一个主题序列模式匹配的基本容器。


Details

详情----------Details----------

An MIndex object contains the matches (start/end locations) of a set of patterns found in an XString object called "the subject string" or "the subject sequence" or simply "the subject".
一个MIndex对象包含一套在XString对象“的主题串”或“主体序列”或干脆“的主题是”发现的模式匹配（开始/结束位置）。

matchPDict function returns an MIndex object.
matchPDict函数返回MIndex的对象。


存取方法----------Accessor methods----------

In the code snippets below, x is an MIndex object.
在下面的代码片段，x是MIndex的对象。

length(x): The number of patterns that matches are stored for.
length(x)：匹配的存储模式的数量。

names(x): The names of the patterns that matches are stored for.
names(x)：模式匹配存储的名称。

startIndex(x): A list containing the starting positions of the matches for each pattern.
startIndex(x)：一个列表，其中包含每个模式匹配的起始位置。

endIndex(x): A list containing the ending positions of the matches for each pattern.
endIndex(x)：一个列表，其中包含每个模式匹配的结束位置。

countIndex(x): An integer vector containing the number of matches for each pattern. Equivalent to elementLengths(x).
countIndex(x)：一个整数的向量，每个模式匹配的数量。相当于elementLengths(x)。


子集的方法----------Subsetting methods----------

In the code snippets below, x is an MIndex object.
在下面的代码片段，x是MIndex的对象。

x[[i]]: Extract the matches for the i-th pattern as an IRanges object.
x[[i]]：为第i模式作为IRanges对象提取的比赛。


强迫----------Coercion----------

In the code snippets below, x is an MIndex object.
在下面的代码片段，x是MIndex的对象。

as(x, "CompressedIRangesList"): Turns x into an CompressedIRangesList object.  This coercion changes x from one RangesList  subtype to another with the underlying Ranges values remaining unchanged.
as(x, "CompressedIRangesList")：打开x到CompressedIRangesList对象。这种强制改变x从一个RangesList亚型的基本范围值不变。


其他实用的方法和功能----------Other utility methods and functions----------

In the code snippets below, x and mindex are MIndex objects and subject is the XString object containing the sequence in which the matches were found.
在下面的代码片段，x和mindex是MIndex的对象和subject是XString对象，其中包含的序列，发现在该场比赛。

unlist(x, recursive=TRUE, use.names=TRUE): Return all the matches in a single IRanges object.  recursive and use.names are ignored.
unlist(x, recursive=TRUE, use.names=TRUE)：返回单IRanges在一个对象的所有比赛。 recursive和use.names被忽略。

extractAllMatches(subject, mindex): Return all the matches in a single XStringViews object.
extractAllMatches(subject, mindex)：返回单XStringViews在一个对象的所有比赛。


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages



参见----------See Also----------

matchPDict, PDict-class, IRanges-class, XStringViews-class
matchPDict，PDict级，级IRanges，XStringViews级


举例----------Examples----------


  ## See ?matchPDict and ?`matchPDict-inexact` for some examples.[＃看到了吗？matchPDict和matchPDict不精确的一些例子。]

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