matchprobes(Biostrings)
matchprobes()所属R语言包：Biostrings
A function to match a query sequence to the sequences of a set of
一组序列匹配查询的序列函数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The query sequence, a character string (probably representing a transcript of interest), is scanned for the presence of exact matches to the sequences in the character vector records. The indices of the set of matches are returned.
存在完全匹配的序列特征向量queryrecords序列，字符串（可能较感兴趣的成绩单），扫描。返回匹配的一套指数。
The function is inefficient: it works on R's character vectors, and the actual matching algorithm is of time complexity length(query) times length(records)!
功能是低效的，它适用于R的特征向量，和实际的匹配算法的时间复杂度是length(query)次length(records)！
See matchPattern, vmatchPattern and matchPDict for more efficient sequence matching functions.
请参阅matchPattern，vmatchPattern和matchPDict更有效的序列匹配功能。
用法----------Usage----------
matchprobes(query, records, probepos=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：query
A character vector. For example, each element may represent a gene (transcript) of interest. See Details.
字符向量。例如，每个元素都可以代表一个感兴趣的基因（副本）。查看详细信息。
参数：records
A character vector. For example, each element may represent the probes on a DNA array.
字符向量。例如，每个元素可能代表一个DNA阵列上的探针。
参数：probepos
A logical value. If TRUE, return also the start positions of the matches in the query sequence.
一个逻辑值。如果是TRUE，返回在查询序列匹配的起始位置。
Details
详情----------Details----------
toupper is applied to the arguments query and records before matching. The intention of this is to make the matching case-insensitive. The function is embarrassingly naive. The matching is done using the C library function strstr.
toupperquery和records匹配之前的论点。这个意图是使不区分大小写的匹配。该功能是令人尴尬的天真。使用C库函数strstr匹配。
值----------Value----------
A list. Its first element is a list of the same length as the input vector. Each element of the list is a numeric vector containing the indices of the probes that have a perfect match in the query sequence.
一个列表。它的第一个元素是一个列表作为输入向量的长度相同。列表中的每个元素是一个数字的向量查询序列中，有一个完美匹配的探针指标。
If probepos is TRUE, the returned list has a second element: it is of the same shape as described above, and gives the respective positions of the matches.
probepos如果是TRUE，返回列表中的第二个元素：它的形状相同，如上所述，并给出了匹配各自的立场。
作者（S）----------Author(s)----------
R. Gentleman, Laurent Gautier, Wolfgang Huber
参见----------See Also----------
matchPattern, vmatchPattern, matchPDict
matchPattern，vmatchPattern，matchPDict
举例----------Examples----------
if(require("hgu95av2probe")){
data("hgu95av2probe")
seq <- hgu95av2probe$sequence[1:20]
target <- paste(seq, collapse="")
matchprobes(target, seq, probepos=TRUE)
}
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发表于 2012-2-25 13:47:26
