R语言 Biostrings包 DNAString-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DNAString-class(Biostrings)
DNAString-class()所属R语言包：Biostrings

                                        DNAString objects
                                         DNAString对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A DNAString object allows efficient storage and manipulation of a long DNA sequence.
一个DNAString对象允许长的DNA序列的高效存储和操纵。


Details

详情----------Details----------

The DNAString class is a direct XString subclass (with no additional slot). Therefore all functions and methods described in the XString man page also work with a DNAString object (inheritance).
DNAString类是的直接XString子类（没有额外的插槽）。因此，在XString手册页中描述的所有功能和方法，也可以用DNAString对象（继承）。

Unlike the BString container that allows storage of any single string (based on a single-byte character set) the DNAString container can only store a string based on the DNA alphabet (see below). In addition, the letters stored in a DNAString object are encoded in a way that optimizes fast search algorithms.
不同的BString容器，允许存储任何单个字符串（基于单字节字符集）的DNAString容器只能存储的DNA字母为基础的字符串（见下文）。此外，在DNAString对象中存储的字母编码的方式，优化快速搜索算法。


DNA字母表----------The DNA alphabet----------

This alphabet contains all letters from the IUPAC Extended Genetic Alphabet (see ?IUPAC_CODE_MAP) + the gap ("-") and the hard masking ("+") letters. It is stored in the DNA_ALPHABET constant (character vector). The alphabet method also returns DNA_ALPHABET when applied to a DNAString object and is provided for convenience only.
这个字母表中包含的IUPAC扩展的遗传字母的所有字母（见?IUPAC_CODE_MAP）（"-"）和硬盘屏蔽（"+"）字母的差距。它储存在DNA_ALPHABET常数（特征向量）。 alphabet方法也返回DNA_ALPHABET应用于到DNAString对象时，只为方便提供。


构造类似的功能和泛型----------Constructor-like functions and generics----------

In the code snippet below, x can be a single string (character vector of length 1), a BString object or an RNAString object.
在下面的代码片段，x可以是一个字符串（字符长度为1的向量），BString对象或RNAString的对象。

DNAString(x="", start=1, nchar=NA): Tries to convert x into a DNAString object by reading nchar letters starting at position start in x.
DNAString(x="", start=1, nchar=NA)：尝试转换x，成DNAString对象的阅读nchar字母位置开始startx。


存取方法----------Accessor methods----------

In the code snippet below, x is a DNAString object.
在下面的代码片段，x是DNAString的对象。

alphabet(x, baseOnly=FALSE): If x is a DNAString object, then return the DNA alphabet (see above). See the corresponding man pages when x is a BString, RNAString or AAString object.
alphabet(x, baseOnly=FALSE)如果x是DNAString的对象，然后返回的DNA字母表（见上文）。请参阅相应的手册页时x是BString，RNAString或AAString的对象。


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages



参见----------See Also----------

IUPAC_CODE_MAP, letter, XString-class, RNAString-class, reverseComplement, alphabetFrequency
IUPAC_CODE_MAP，letter，XString级，RNAString级，reverseComplement，alphabetFrequency


举例----------Examples----------


  DNA_BASES
  DNA_ALPHABET
  d <- DNAString("TTGAAAA-CTC-N")
  length(d)
  alphabet(d)                 # DNA_ALPHABET[DNA_ALPHABET]
  alphabet(d, baseOnly=TRUE)  # DNA_BASES[DNA_BASES]

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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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