R语言 BioSeqClass包 featurePseudoAAComp()函数中文帮助文档(中英文对照)

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featurePseudoAAComp(BioSeqClass)
featurePseudoAAComp()所属R语言包：BioSeqClass

                                        Feature Coding by Pseudo Amino Acid Composiion
                                         由伪氨基酸Composiion的编码功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Protein sequences are coded by pseudo amino acid composiion.
蛋白质序列编码伪氨基酸composiion。


用法----------Usage----------


  featurePseudoAAComp(seq,d,w=0.05)  



参数----------Arguments----------

参数：seq
a string vector for the protein, DNA, or RNA sequences.  
为蛋白质，DNA或RNA序列的字符串向量。


参数：d
an integer used as paramter of featurePseudoAAComp  (d>=1). Coupling between amino acids X(i) and X(i+d) are considered as features.
整数featurePseudoAAComp（D> = 1）放慢参数作为。 x（i）和x（I + D）为特征的考虑。氨基酸之间的耦合


参数：w
a numeric value for the weight factor of sequence order effect in  featurePseudoAAComp.  
为featurePseudoAAComp顺序效果的权重因子的数值。


Details

详情----------Details----------

featurePseudoAAComp returns a matrix representing the pseudo  amino acid composiion. Each row represented features of one sequence coding  by a 20+d dimension numeric vector. The first 20 features indicates the  composition of 20 amino acids. The last d features indicates the coupling  between amino acids X(i) and X(i+d). Coupling value is cacluated by hydrophobicity,  hydrophilicity and mass of amino acids.  
featurePseudoAAComp返回一个矩阵代表伪氨基酸composiion的。每一行代表一个序列的功能，通过20 + d维数值向量编码。前20个特征表明20个氨基酸组成。最后的三维特征，表明氨基酸×（I）和X（I + D）之间的耦合。耦合值cacluated氨基酸的疏水性，亲水性和质量。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


if(interactive()){
  file = file.path(.path.package("BioSeqClass"), "example", "acetylation_K.pos40.pep")
  seq = as.matrix(read.csv(file,header=F,sep="\t",row.names=1))[,1]
   
  PAC4 = featurePseudoAAComp(seq,4)   
}

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