R语言 BioSeqClass包 featureGapPairComposition()函数中文帮助文档(中英文对照)

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featureGapPairComposition(BioSeqClass)
featureGapPairComposition()所属R语言包：BioSeqClass

                                        Feature Coding by g-spaced aminoacids/bases pairs
                                         G-行距氨基酸/碱基对特征编码

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Sequences are coded based on the frequency of g-spaced aminoacids/bases pairs.
基于G-的行距氨基酸/碱基对频率编码序列。


用法----------Usage----------


  featureGapPairComposition(seq,g,class=elements("aminoacid"))  



参数----------Arguments----------

参数：seq
a string vector for the protein, DNA, or RNA sequences.  
为蛋白质，DNA或RNA序列的字符串向量。


参数：g
an integer indicating the distance between two aminoacids/bases (g>=0).   
一个整数，指示两个氨基酸/碱基（G> = 0）之间的距离。


参数：class
a list for the class of biological properties. It can  be produced by elements and aaClass.   
一个生物属性的类列表。它可以产生elements和aaClass。


Details

详情----------Details----------

featureGapPairComposition returns a matrix with M\^2 columns.  Each row represented features of one sequence coding by a M\^2 dimension  numeric vector. Each column is the frequency of g-spaced aminoacids/bases pair. featureFragmentComposition(seq,2) is same with featureGapPairComposition(seq,0).
featureGapPairComposition返回一个与M \ ^ 2列的矩阵。每一行代表一个M \ ^ 2维数值向量编码序列的特点。每一列是G-的行距氨基酸/碱基对频率。 featureFragmentComposition（SEQ，2）是相同与featureGapPairComposition（SEQ，0）。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


if(interactive()){
  file = file.path(.path.package("BioSeqClass"), "example", "acetylation_K.pos40.pep")
  seq = as.matrix(read.csv(file,header=F,sep="\t",row.names=1))[,1]
  
  GPC0 = featureGapPairComposition(seq,0,elements("aminoacid"))
  GPC2 = featureGapPairComposition(seq,2,elements("aminoacid"))
}

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注：
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