scoreFunction(BioNet)
scoreFunction()所属R语言包:BioNet
Scoring function for p-values
p值的打分函数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function calculates a score for each gene with a given FDR from the fitted beta-uniform mixture model.
函数计算每个基因从一个给定的FDR拟合β-均匀混合模型的得分。
用法----------Usage----------
scoreFunction(fb, fdr=0.01)
参数----------Arguments----------
参数:fb
Model from the beta-uniform mixture fitting.
从β-均匀混合拟合模型。
参数:fdr
Numeric constant, from the false discovery rate a p-value threshold is calculated. P-values below this threshold are considered to be significant and will score positively, p-values a bove the threshold are supposed to arise from the null model. The FDR can be used to control the size of the maximum scoring subnetwork, by zooming in and out in the same region.
数字常量,从虚假的发现率,p值阈值计算。 P值低于这个阈值被认为是重要的,一定会取得积极,P值的阈值应该出现空模型波夫。FDR可以被用来控制最高得分子网的大小,在同一区域和放大。
值----------Value----------
Score vector for the given p-values.
对于给定的P-值的得分向量。
作者(S)----------Author(s)----------
Marcus Dittrich and Daniela Beisser
参考文献----------References----------
举例----------Examples----------
data(pvaluesExample)
pvals <- pvaluesExample[,1]
bum.mle <- fitBumModel(pvals, plot=FALSE)
scores <- scoreFunction(fdr=0.1, fb=bum.mle)
scores
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注:
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