R语言 BioNet包 saveNetwork()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

saveNetwork(BioNet)
saveNetwork()所属R语言包：BioNet

                                         Save undirected network in various formats
                                         保存各种格式的无向网络

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function saves a graph in a Cytoscape readable format: either in XGMML format, or as two tables, one for the nodes with attributes and one for the edges with attributes, or as .sif file. Or other standard formats like tab separated, .tgf, .net
该功能可以节省Cytoscape的可读格式的图形：在XGMML格式，或作为两个表，一个属性节点和属性的边缘，或作为SIF文件。或分开，像“选项卡上的其他标准格式。转化生长因子，净


用法----------Usage----------


saveNetwork(network, name="network", file, type=c("table", "XGMML", "sif", "tab", "tgf", "net"))



参数----------Arguments----------

参数：network
Network to save.  
保存网络。


参数：name
Name of the network, only needed for the XGMML format.  
网络的名称，只需要为XGMML格式。


参数：file
File to save to.  
文件保存。


参数：type
Type in which graph shall be saved.  
在这种类型图，应保存。


Details

详情----------Details----------

The format types are "XGMML", "table", "sif", "tab", "tgf" and "net". XGMML (eXtensible Graph Markup and Modeling Language) is an  XML format based on GML which is used for graph description. Edges, nodes and their  affiliated attributes are all saved in one file.  In the table format two tables are created, one for the nodes with attributes and one for the edges with attributes. The sif format creates a .sif file for the network and an node attribute (.NA) or edge attribute (.EA) for  each attribute. The name of the attribute is the filename.   Tab writes only the edges of the network in a tabular format. Tgf save the network to simple .tgf format. The net format writes a Pajek readable file of the network and the ET type saves the edge tags to file.
格式类型“XGMML”，“表”，“SIF”，“标签”，“TGF”和“净”。 XGMML（可扩展的图形标记和建模语言）是基于GML的XML格式，这是用于图形描述。边缘，节点和其附属的属性都保存在一个文件中。在表格式创建两个表，一个属性节点和属性的边缘。 SIF格式创建的网络。sif文件和节点属性（北美）或属性（EA）的每个属性的边缘。属性的名称是文件名。以表格格式选项卡上写的网络边缘。 TGF节省网络简单。TGF格式。净格式写入网络Pajek可读文件的ET型边缘标签保存文件。


作者（S）----------Author(s)----------



Daniela Beisser and Marcus Dittrich




举例----------Examples----------


library(DLBCL)
#create small network[建立小型网络]
library(igraph)
data(interactome)
interactome <- igraph.from.graphNEL(interactome)
small.net <- subNetwork(V(interactome)[0:15]$name, interactome)
E(small.net)$e.weight <- rep(1,length(E(small.net)))
V(small.net)$n.weight <- rep(2,length(V(small.net)))
summary(small.net)
## Not run: saveNetwork(small.net, file="example_network", name="small.net", type="XGMML")[＃不运行：saveNetwork（small.net，文件=“example_network”，名称=的“small.net”，键入=的“XGMML”）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。