R语言 BioNet包 plotModule()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotModule(BioNet)
plotModule()所属R语言包：BioNet

                                         Plot of the network
                                         积网络

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function plots a network from graphNEL or igraph format, adapted from an igraph plotting function. It is  just used to visualize the modules. For further plotting options use the plot.igraph function of the igraph package. The shapes of the nodes can be changed according to the scores argument, then negative scores appear squared. The color of the nodes can be changed according to the diff.expr argument. Negative values lead to green nodes, positive values are colored in red. If the vectors are not provided, it will be automatically looked for nodes attributes with the name score and diff.expr.
函数曲线从graphNEL或IGRAPH格式，网络适应的igraph绘图功能。它只是用于可视化模块。为进一步绘图选项使用的IGRAPH包plot.igraph的功能。节点的形状是可以改变的根据分数论点，然后出现负分的平方。根据的diff.expr参数节点的颜色是可以改变的。负值导致绿色节点，正值颜色为红色。如果不提供向量，它会自动寻找与名称得分和diff.expr的节点的属性。


用法----------Usage----------


plotModule(network, layout=layout.fruchterman.reingold, labels=NULL, diff.expr=NULL, scores=NULL, main=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：network
Network in graphNEL or igraph format.  
网络在graphNEL或IGRAPH格式。


参数：layout
Layout algorithm, e.g. layout.fruchterman.reingold or layout.kamada.kawai.  
布局算法，例如： layout.fruchterman.reingold或layout.kamada.kawai。


参数：labels
Labels for the nodes of the network.  
网络节点的标签。


参数：diff.expr
Named numerical vector of differential expression (fold changes) of the nodes in the network. These will be  used for coloring of the nodes.  It will be automatically looked for nodes attribute with the name diff.expr, if the argument is null.
命名数值差异表达向量，在网络中的节点（折变化）。这些将用于着色的节点。它会自动寻找节点属性名称diff.expr，如果参数是空的。


参数：scores
Named numerical vector of scores of the nodes in the network. These will be used for the shape of the nodes.  It will be automatically looked for nodes attribute with the name score, if the argument is null.
命名为向量的网络节点的分数数值。这些将用于节点的形状。它会自动寻找节点属性名称得分，如果参数是空的。


参数：main
Main title of the plot.
主称号图。


参数：...
Other graphic parameters for the plot.
其他图图形参数。


作者（S）----------Author(s)----------



Marcus Dittrich and Daniela Beisser




参见----------See Also----------

plot3dModule
plot3dModule


举例----------Examples----------


library(DLBCL)
data(dataLym)
data(interactome)
interactome <- subNetwork(dataLym$label, interactome)
interactome <- rmSelfLoops(interactome)
fchange <- dataLym$diff
names(fchange) <- dataLym$label
# create random subnetwork[创建随机子网]
subnet <- largestComp(subNetwork(nodes(interactome)[1:100], interactome))
fchange <- fchange[nodes(subnet)]

# color random subnetwork by the fold change[颜色随机子网倍]
## Not run: plotModule(network=subnet, diff.expr=fchange)[＃不运行：plotModule（网络子网，diff.expr = fchange）]

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