R语言 BioNet包 plot3dModule()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot3dModule(BioNet)
plot3dModule()所属R语言包：BioNet

                                         3D plot of the network
                                         网络的3D图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function plots a network from graphNEL or igraph format in 3D using a modified function from the package igraph and requires the package rgl which uses openGL. The 3D plot can be zoomed, rotated, shifted on the canvas.  This function is just used to visualize the modules. For further plotting options use the rglplot function of the igraph package. If a score attribute is provided in the graph this will be used for the coloring of the nodes. Otherwise a vector of values can be given by the diff.or.score argument. The vector has to contain positive and negative values, either scores or values for differential expression (fold changes). Labels for the nodes can be provided by the labels argument, otherwise it will be automatically looked for a geneSymbol attribute of the nodes.
函数图从3D从包IGRAPH使用修改后的功能和需要使用OpenGL的包RGL graphNEL或IGRAPH格式的网络。三维图可以缩放，旋转，在画布上转移。此功能只用于可视化的模块。为进一步绘图选项使用rglplot的IGRAPH包功能。如果得分属性图中提供的，这将用于着色的节点。否则可以由diff.or.score参数值的向量。向量包含正面和负面的价值观，无论是分数值差异表达（折变化）。节点的标签可提供的标签参数，否则将被自动寻找一个节点geneSymbol的属性。


用法----------Usage----------


plot3dModule(network, labels=NULL, windowSize = c(100,100,1500,1000), diff.or.scores=NULL, red=c("negative", "positive"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：network
Network in graphNEL or igraph format.  
网络在graphNEL或IGRAPH格式。


参数：labels
Labels for the nodes of the network. Otherwise it will be automatically looked for a geneSymbol attribute of the nodes.  
网络节点的标签。否则，它会自动寻找一个节点geneSymbol的属性。


参数：windowSize
Numerical vector of size four to set the size of the rgl device.
4大小的数值向量设置的RGL设备的大小。


参数：diff.or.scores
Named numerical vector of differential expression (fold changes) or scores of the nodes in the network. These will be used for node coloring. Otherwise a score attribute of the nodes will be automatically used.
命名数值差异表达向量（折变化）或在网络节点的分数。这些将用于节点着色。否则将自动使用一个节点的得分属性。


参数：red
Either "negative" or "positive", to specify which values are to be colored red in the plot.
无论是“消极”或“积极”，指定的值是在图的红色。


参数：...
Other graphic parameters for the plot.
其他图图形参数。


作者（S）----------Author(s)----------



Daniela Beisser




参见----------See Also----------

save3dModule, plotModule
save3dModule，plotModule


举例----------Examples----------


library(DLBCL)
data(interactome)
data(dataLym)
interactome <- subNetwork(dataLym$label, interactome)
interactome <- rmSelfLoops(interactome)
fchange <- dataLym$diff
names(fchange) <- dataLym$label
subnet <- largestComp(subNetwork(nodes(interactome)[1:100], interactome))
diff <- fchange[nodes(subnet)]

## Not run: library(rgl);[＃运行库（RGL）;]
plot3dModule(network=subnet, diff.or.score=diff)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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