R语言 biomaRt包 getGene()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getGene(biomaRt)
getGene()所属R语言包：biomaRt

                                        Retrieves gene annotation information given a vector of identifiers
                                         标识符的向量检索的基因注释信息

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function retrieves gene annotations from Ensembl given a vector of identifiers.  Annotation includes chromsome name, band, start position, end position, gene description and gene symbol.  A wide variety of identifiers is available in Ensembl, these can be found with the listFilters function.
此函数检索从Ensembl的基因注释标识符的向量。注释包括染色体的名称，乐队，开始位置，结束位置，描述基因和基因符号。各种各样的标识符Ensembl的，这些都可以发现与listFilters功能。


用法----------Usage----------


getGene( id, type, mart)



参数----------Arguments----------

参数：id
vector of gene identifiers one wants to annotate
向量基因标识之一，要标注


参数：type
type of identifier, possible values can be obtained by the listFilters function.  Examples are  entrezgene, hgnc\_symbol (for hugo gene symbol), ensembl\_gene\_id, unigene, agilentprobe, affy\_hg\_u133\_plus\_2,  refseq\_dna, etc.
标识符类型，可能的值可以得到由listFilters功能。的例子是entrezgene，hgnc \ _symbol（HUGO基因符号），ENSEMBL \ _gene \的_id，UniGene的，agilentprobe，affy \ _hg \ _u133 \ _plus \ _2的RefSeq \ _dna等。


参数：mart
object of class Mart, containing connections to the BioMart databases.  You can create such an object using the function useMart.
对象类的沃尔玛，包含连接的BioMart数据库。你可以创建这样一个对象使用的功能useMart。


作者（S）----------Author(s)----------


Steffen Durinck



举例----------Examples----------



if(interactive()){

mart = useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")

#example using affy id[例如使用affy ID]

g = getGene( id = "1939_at", type = "affy_hg_u95av2", mart = mart)
show(g)

#example using Entrez Gene id[例如，使用Entrez基因ID]

g = getGene( id = "100", type = "entrezgene", mart = mart)
show(g)
}

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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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