R语言 biomaRt包 getBM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getBM(biomaRt)
getBM()所属R语言包：biomaRt

                                        Retrieves information from the BioMart database
                                         检索从BioMart数据库的信息

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is the main biomaRt query function.  Given a set of filters and corresponding values, it retrieves the user specified attributes from the BioMart database one is connected to
此函数是的主要biomaRt查询功能。鉴于一组过滤器和相应的值，检索从BioMart数据库的一个连接到用户指定的属性


用法----------Usage----------


getBM(attributes, filters = "", values = "", mart, curl = NULL, checkFilters = TRUE, verbose = FALSE, uniqueRows = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：attributes
Attributes you want to retrieve.  A possible list of attributes can be retrieved using the function listAttributes.
属性，你要检索。可能的属性列表可以检索使用功能listAttributes。


参数：filters
Filters (one or more) that should be used in the query.  A possible list of filters can be retrieved using the function listFilters.
应在查询中使用的过滤器（一个或多个）。可能的过滤器列表可以检索使用功能listFilters。


参数：values
Values of the filter, e.g. vector of affy IDs.  If multiple filters are specified then the argument should be a list of vectors of which the position of each vector corresponds to the position of the filters in the filters argument.
过滤器的值，例如矢量affy标识。如果指定了多个过滤器，则该参数应该是一个向量列表，其中每个向量的位置对应的过滤器在过滤器参数的位置。


参数：mart
object of class Mart, created with the useMart function.
对象类沃尔玛与useMart功能，。


参数：curl
An optional 'CURLHandle' object, that can be used to speed up getBM when used in a loop.
可选“CURLHandle的对象，可用于加快在循环中使用时，getBM。


参数：checkFilters
Sometimes attributes where a value needs to be specified, for example upstream\_flank with value 20 for obtaining upstream sequence flank regions of length 20bp, are treated as filters in BioMarts.  To enable such a query to work, one must specify the attribute as a filter and set checkFilters = FALSE for the query to work.
有时属性值需要被指定，例如上游\与上游序列的长度为20bp的侧翼区域获得价值20 _flank，在BioMarts过滤器处理。为了使这样的查询工作，必须指定的属性，作为一个过滤器和一套checkFilters = FALSE查询工作。


参数：verbose
When using biomaRt in webservice mode and setting verbose to TRUE, the XML query to the webservice will be printed.
当使用Web服务模式biomaRt和详细设置为TRUE，XML查询到WebService将被打印。


参数：uniqueRows
If the result of a query contains multiple identical rows, setting this argument to TRUE (default) will result in deleting the duplicated rows in the query result at the server side.
如果查询结果中包含多个相同的行，这个参数设置为TRUE（默认），将导致在服务器端的查询结果中删除重复行。


作者（S）----------Author(s)----------


Steffen Durinck



举例----------Examples----------


if(interactive()){
mart <- useMart("ensembl")
datasets <- listDatasets(mart)
mart<-useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart)
getBM(attributes=c("affy_hg_u95av2","hgnc_symbol","chromosome_name","band"),filters="affy_hg_u95av2",values=c("1939_at","1503_at","1454_at"), mart=mart)

}

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注：
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