R语言 bgx包 bgx()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bgx(bgx)
bgx()所属R语言包：bgx

                                        Fully Bayesian integrated approach to the analysis of Affymetrix GeneChip data
                                         充分贝叶斯Affymetrix基因芯片数据分析的综合方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

'bgx' estimates Bayesian Gene eXpression (BGX) measures from an AffyBatch object.
“BGX估计贝叶斯基因表达（BGX）的措施从AffyBatch对象。

'standalone.bgx' creates various files needed by the bgx standalone binary and places them in a directory. One of these files is 'infile.txt'. In order to run standalone BGX, compile it and run 'bgx <path\_to\_infile.txt>' from the command line.
“standalone.bgx”创建由的BGX独立的二进制所需的各种文件，并把它们放在一个目录。这些文件之一infile.txt“。为了独立运行BGX，编译和运行命令行的BGX <path\_to\_infile.txt>。


用法----------Usage----------


bgx(aData, samplesets = NULL, genes = NULL, genesToWatch = NULL,
  burnin = 8192, iter = 16384, output = c("minimal","trace","all"),
  probeAff = TRUE, probecat_threshold = 100, adaptive = TRUE, rundir = ".")

standalone.bgx(aData, samplesets = NULL, genes = NULL, genesToWatch = NULL,
  burnin = 8192, iter = 16384, output = c("minimal", "trace", "all"),
  probeAff = TRUE, probecat_threshold = 100,
  adaptive = TRUE, batch_size = 50, optimalAR = 0.44, inputdir = "input")



参数----------Arguments----------

参数：aData
An AffyBatch object.
AffyBatch对象。


参数：samplesets
A numeric vector specifying which condition each array belongs to. E.g. if samplesets=c(2,2), then the first two replicates belong to one condition and the last two replicates belong to another condition. If NULL, each array is assumed to belong to a different condition. If the aData object contains information about the experiment design in its phenoData slot, this argument is not required.
指定一个数值向量，每个数组属于何种情况下。例如如果samplesets = C（2,2），那么前两个复制属于一个条件和最后的两个复制属于另一个条件。如果为NULL，假定每个数组属于不同的条件。如果ADATA对象包含有关phenoData槽的实验设计的信息，这种说法是不是必需的。


参数：genes
A numeric vector specifying which genes to analyse. If NULL, all genes are analysed.
指定一个数值向量分析的基因。如果为NULL，所有的基因进行了分析。


参数：genesToWatch
A numeric vector specifying which genes to monitor closely amongst those chosen to be analysed (see below for details).
一个数值向量，指定哪些基因密切监视之中选择分析（详见下文）。


参数：burnin
Number of burn-in iterations.
数老化迭代。


参数：iter
Number of post burn-in iterations.
烧伤后，在迭代的数量。


参数：output
One of "minimal", "trace" or "all". See below for details.
一个“最小”，“跟踪”或“所有”。细节见下文。


参数：probeAff
Stratify the mean (lambda) of the cross-hybridisation parameter (H) by categories according to probe-level sequence information.
按类别分层平均交叉杂交参数（H）（λ）根据探针级序列信息。


参数：probecat_threshold
Minimum amount of probes per probe affinity category.
每探针亲和力类探针的最低金额。


参数：adaptive
Adapt the variance of the proposals for Metropolis Hastings objects (that is: S, H, Lambda, Eta, Sigma and Mu).
适应的为大都市黑斯廷斯对象的建议（即是：S，H，LAMBDA，ETA，西格玛和Mu）的差额。


参数：batch_size
Size of batches for calculating acceptance ratios and updating jumps.
分批验收比率计算和更新跳跃的大小。


参数：optimalAR
Optimal acceptance ratio.
最优接受率。


参数：rundir
The directory in which to save the output runs.
运行的目录中保存输出。


参数：inputdir
The name of the directory in which to place the input files for the standalone binary.
在其中放置的目录的名称为独立的二进制输入文件。


Details

详情----------Details----------

genesToWatchSpecify the subset of genes for which thinned samples from the full posterior distributions of log(S+1) (x) and log(H+1) (y) are collected.
genesToWatchSpecifylog（+1）（x）和log（高+1）（y）的后验分布的薄样品收集的基因子集。

outputOutput the following to disk:
outputOutput以下磁盘：

"minimal"The gene expression measure (muave), thinned samples from the full posterior distributions of mu (mu.[1..c]), where 'c' is the number of conditions, the integrated autocorrelation time (IACT) and the Markov chain Monte Carlo Standard Error (MCSE) for each gene under each condition. Note that the IACT and MCSE are calculated from the thinned samples of mu.
“最小”的基因表达测量（muave），充分后分布亩薄样品（mu. [1 .. C]），“C”是其中的一些条件，综合自相关时间（IACT）马尔可夫链蒙特卡洛标准误差为每一个基因（MCSE）根据每个条件。请注意，IACT和MCSE亩薄样品计算。

"trace"The same as "minimal" plus thinned samples from the full posterior distributions of sigma2 (sigma2.[1..c]), lambda (lambda.[1..s]), eta2 (eta2), phi (phi) and tau2 (tau2), where 's' is the number of samples. If there are probes with unknown sequences, output a thinned trace of their categorisation.
“跟踪”，“最小”加稀释的样品后从全sigma2分布（的sigma2. [1 .. C]），λ（lambda. [1 ..]），ETA2（ETA2），披（PHI）和tau2“（tau2），其中S的样本数量。如果有未知序列的探针，输出了他们的分类细化跟踪。

"all"The same as "trace" plus acceptance ratios for S (sacc), H (hacc), mu (muacc), sigma (sigmaacc), eta (etaacc) and lambda (lambdasacc).
“所有”的“跟踪”相同，加上接受的S比率（SACC），H（HACC），亩（muacc），六西格玛（sigmaacc），ETA（etaacc）和拉姆达（lambdasacc）。


值----------Value----------

'bgx' returns an ExpressionSet object containing gene expression information for each gene under each condition (not each replicate).
BGX“返回每个条件下（不是每个重复）ExpressionSet对象，每个基因包含的基因表达信息。

'standalone.bgx' returns the path to the BGX input files.
“standalone.bgx的BGX输入文件的路径返回。


注意----------Note----------

The bgx() method and the bgx standalone binary create a directory in the working directory called 'run.x' (x:1,2,3,...), wherein files are placed for further detailed analysis.
的BGX（）方法和在称为“run.x”的工作目录中创建的的BGX独立的二进制目录（X：1,2,3，...），其中文件放在进一步详细分析。


作者（S）----------Author(s)----------


Ernest Turro



参考文献----------References----------





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