R语言 bgx包 analysis.bgx()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

analysis.bgx(bgx)
analysis.bgx()所属R语言包：bgx

                                        Analyse BGX output.
                                         分析BGX输出。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions for plotting expression densities, differential expression densities, histogram of proportion of differentially expressed genes, etc.
图表达密度，差异表达密度，差异表达基因的比例直方图等功能


用法----------Usage----------


  plotExpressionDensity(bgxOutput, gene=NULL, normalize=c("none","mean","loess"),...)
  plotDEDensity(bgxOutput, gene=NULL, conditions=c(1,2), normalize=c("none","mean","loess"), normgenes=c(1:length(bgxOutput[["geneNames"]])), ...)
  plotDEHistogram(bgxOutput, conditions=c(1,2), normalize=c("none","mean","loess"), normgenes=c(1:length(bgxOutput[["geneNames"]])), df=floor(1.8 * log10(length(bgxOutput[["geneNames"]]))))
  rankByDE(bgxOutput, conditions=c(1,2),normalize=c("none", "mean", "loess"), normgenes=c(1:length(bgxOutput[["geneNames"]])), absolute=TRUE)
  plotDiffRank(bgxOutput, conditions=c(1,2),normalize=c("none", "mean", "loess"), normgenes=c(1:length(bgxOutput[["geneNames"]])), ymax=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：bgxOutput
A list obtained from running readOutput.bgx on a BGX output directory.
运行获得一个列表readOutput.bgx的BGX输出目录。


参数：gene
Which gene to analyse. This can either be an index or a name.
基因分析。这可以是一个索引或名称。


参数：conditions
Indices of conditions to compare.
指数的条件进行比较。


参数：normalize
"none": do not normalise posterior distributions of mu. "mean": normalise by scaling posterior distributions of mu for conditions > 1 to have the same mean as the posterior distribution of mu for condition 1. "loess": same as "mean" but use loess normalisation.
“无”：不标准化后验分布亩。 “意思”：标准化的条件> 1，通过扩大后验分布有相同的条件后验分布1亩平均亩。 “黄土”：同“是什么意思”，而是用黄土标准化。


参数：normgenes
Which genes to use for loess normalisation. By default, use all genes.
哪些基因使用黄土标准化。默认情况下，使用所有的基因。


参数：df
Residual degrees of freedom. Decrease to 6 if the histogram fit goes haywire.
剩余的自由程度。如果直方图适合进入疯狂下降到6。


参数：absolute
Rank genes by absolute differential expression.
排名绝对差异表达的基因。


参数：ymax
Specify upper limit of y axis.
指定Y轴的上限。


参数：...
Parameters to pass to density function (where applicable).
参数传递到密度函数（如适用）。


Details

详情----------Details----------

plotExpressionDensity plots gene expression distributions under various conditions for the specified gene.
plotExpressionDensity图在不同条件下基因表达的分布指定基因。

plotDEDensity plots the differential expression distribution between two conditions for a given gene.
plotDEDensity图之间的一个特定基因的两个条件的差异表达的分布。

plotDEHistogram plots a histogram of differential expression between two conditions and estimates the number of up and down regulated differentially expressed genes.
plotDEHistogram图之间的差异表达的两个条件，估计向上和向下调控差异表达的基因数目的直方图。

rankByDE ranks genes by differential expression and returns ordering and corresponding DE values in a matrix.
rankByDE行列基因差异表达和回报的顺序和相应的矩阵中的DE值。

plotDiffRank plots 2.5-97.5% confidence intervals for ranked differential expression estimates.
plotDiffRank图2.5-97.5％排名差异表达估计的置信区间。


值----------Value----------

None, except plotDERank, which returns a matrix of genes ranked by differential expression.
没有，除了plotDERank，它返回一个矩阵排名差异表达的基因。


作者（S）----------Author(s)----------


Ernest Turro



参见----------See Also----------

bgx, standalone.bgx, readOutput.bgx, plotExpressionDensity, plotDEDensity, plotDEHistogram
bgx，standalone.bgx，readOutput.bgx，plotExpressionDensity，plotDEDensity，plotDEHistogram

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