R语言 BGmix包 FDRforTailPP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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FDRforTailPP(BGmix)
FDRforTailPP()所属R语言包：BGmix

                                        FDR for tail posterior probability
                                         FDR的尾巴，后验概率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate the false discovery rate (FDR) for the tail posterior probability
尾部的后验概率的计算错误发现率（FDR）


用法----------Usage----------


FDRforTailPP(tpp, a1, a2 = NULL, n.rep1, n.rep2 = NULL, prec = 0.05, p.cut = 0.7, N = 10000, pp0=NULL, plot = T)



参数----------Arguments----------

参数：tpp
vector of tail posterior probabilities  
尾部的后验概率向量


参数：a1
  posterior mean of the shape parameter of the inverse gamma distribution - prior for the variance in condition 1  
逆伽玛分布的形状参数的后验均值 - 前条件1的方差


参数：a2
  posterior mean of the shape parameter of the inverse gamma distribution - prior for the variance in condition 2  
验均值逆伽玛分布的形状参数 - 前，在条件2的方差


参数：n.rep1
number of replicates in condition 1  
数量复制的条件1


参数：n.rep2
number of replicates in condition 2  
数量复制的条件2


参数：prec
precision of the estimate of the cumulative distribution function of tail posterior probability under H0 (at points 1 - k*prec, k =1,2,..)  
尾部的后验概率下H 0累积分布函数的估计精度（点1  -  K * PREC，K = 1,2，......）


参数：p.cut
to save time, calculate FDR only for cutoffs on tail posterior probability > p.cut  
为了节省时间，尾巴上的后验概率计算FDR> p.cut只截止


参数：N
simulation size for tail posterior probability under H0  
尾下H 0的后验概率的模拟大小


参数：pp0
a vector of simulated tail posterior probabilities under H0  
根据H 0向量模拟尾后验概率


参数：plot
if True, the estimated pi0 at different locations and the median estimate is plotted
如果为True，绘制了在不同地点的的估计PI0和中位数的估计


值----------Value----------


参数：pi0
estimate of pi0 - proportion of non-differentially expressed genes
估计的PI0的 - 非差异表达基因的比例


参数： FDR
estimate of FDR for all (distinct) cutoffs > p.cut
估计FDR（不同）截止> p.cut


作者（S）----------Author(s)----------


Natalia Bochkina



参考文献----------References----------

Tail posterior probability for inference in pairwise and multiclass gene expression data. Biometrics.

参见----------See Also----------

TailPP, FDRplotTailPP,histTailPP,EstimatePi0
TailPP，FDRplotTailPP，histTailPP，EstimatePi0


举例----------Examples----------




data(ybar, ss)
nreps <- c(8,8)

## Note this is a very short MCMC run![＃注意：这是一个很短的MCMC运行！]
## For good analysis need proper burn-in period.[＃为了获得良好的分析，需要适当的老化期。]
outdir <- BGmix(ybar, ss, nreps, jstar=-1, nburn=0, niter=100, nthin=1)

params <- ccParams(outdir)  
res <-  ccTrace(outdir)
  
tpp.res <- TailPP(res, nreps, params, plots  = FALSE)
FDR.res = FDRforTailPP(tpp.res$tpp, a1 = params$maa[1],
a2 = params$maa[2], n.rep1=nreps[1], n.rep2=nreps[2], p.cut = 0.8)



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