R语言 BGmix包 ccPred()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ccPred(BGmix)
ccPred()所属R语言包：BGmix

                                         Read predictive quantities output from BGmix.
                                         阅读预测从BGmix量输出。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads predictive p-values from files output from BGmix. Also (optionally) reads posterior predictive distributions of data.
读取文件输出从BGmix预测的p值。 （可选）读取数据后的预测分布。


用法----------Usage----------


ccPred(filedir, q.partial = T, q.trace = F, quiet = T)



参数----------Arguments----------

参数：filedir
character. The name of the output directory created by BGmix.
字符。由BGmix创建输出目录的名称。


参数：q.partial
logical. Read partial predictive p-values?
逻辑。阅读部分预测的p值吗？


参数：q.trace
logical. Read posterior predictive distributions of data?
逻辑。阅读后的预测分布的数据？


参数：quiet
logical. Parameter passed to 'scan'. (If false, 'scan' prints details of number of items read in.)
逻辑。参数传递到“扫描”。 （如果为false，扫描打印项目细节的数量读入）


值----------Value----------


参数：pval.ss.post
matrices no. genes x no. conditions. Posterior predictive p-values for sum of squares for each gene in each condition.
矩阵没有。基因X不。条件。后预测的P-值总和为每个基因在每个条件的平方。


参数：pval.ss.mix
matrices no. genes x no. conditions. Mixed predictive p-values for sum of squares for each gene in each condition.
矩阵没有。基因X不。条件。混合预测的P-值总和为每个基因在每个条件的平方。


参数：pval.ss.part
matrices no. genes x no. conditions. Partial predictive p-values for sum of squares for each gene in each condition.
矩阵没有。基因X不。条件。偏预测的P-值总和为每个基因在每个条件的平方。


参数：pval.ybar.post
matrices no. genes x no. mixture components. Posterior predictive p-values for ybar for each gene in each mixture component.
矩阵没有。基因X不。混合组件。后预测p值ybar每个基因在每个混合组件。


参数：pval.ybar.mix2
matrices no. genes x no. mixture components. Mixed predictive p-values for ybar for each gene in each mixture component.
矩阵没有。基因X不。混合组件。混合预测p值ybar每个基因在每个混合组件。


参数：pval.ybar.part
matrices no. genes x no. mixture components. Partial predictive p-values for ybar for each gene in each mixture component.
矩阵没有。基因X不。混合组件。部分预测p值ybar每个基因在每个混合组件。


参数：ybar.pred1
Posterior predictive distribution of ybar.
后预测的ybar分布。


参数：ybar.pred3
Mixed predictive distribution of ybar.
混合预测的ybar分布。


参数：ss.pred1
Posterior predictive distribution of sums of squares.
平方后的预测分布。


参数：ss.pred2
Mixed predictive distribution of sums of squares.
平方和混合分布预测。


注意----------Note----------

Additional output: pval.ybar.mix1 and pval.ybar.mix3 are alternative versions of mixed predictive p-values (currently not used). Also, ybar.pred2 and ybar.pred4 are the corresponding alternative mixed predictive distributions for ybar.
额外的输出：pval.ybar.mix1和pval.ybar.mix3混合预测的p值（目前未使用）的替代版本。此外，ybar.pred2和ybar.pred4相应的替代混合ybar预测分布。


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Lewin



举例----------Examples----------


## Note this is a very short MCMC run![＃注意：这是一个很短的MCMC运行！]
## For good analysis need proper burn-in period.[＃为了获得良好的分析，需要适当的老化期。]
data(ybar,ss)
outdir <- BGmix(ybar, ss, c(8,8), nburn=0, niter=100, nthin=1)
pred <- ccPred(outdir)

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