R语言 BGmix包 BGmix-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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BGmix-package(BGmix)
BGmix-package()所属R语言包：BGmix

                                         BGmix fits a variety of Bayesian hierarchical models for finding differential gene expression between 2 or more experimental conditions.
                                         BGmix适合的贝叶斯层次模型，发现2个或更多的实验条件之间的差异表达基因的品种。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

BGmix uses a C++ routine to fit the chosen model via an MCMC algorithm. Files are written to a sub-directory in the working directory. The package includes R functions for reading the results into R, and several plotting functions and functions for estimating error rates.
BGmix使用一个C + +程序MCMC算法，以适应通过选择模型。工作目录中的文件被写入到一个子目录。该软件包包括R函数读入R的结果，和几个绘图功能和功能估计错误率。


Details

详情----------Details----------

See Vignette for details of how to use this package (use openVignette()).
如何使用这个包（使用openVignette（））的详细信息，请参阅小品。


作者（S）----------Author(s)----------



Alex Lewin and Natalia Bochkina

Maintainer: Alex Lewin <a.m.lewin@imperial.co.uk>




参考文献----------References----------

mixture model for differential gene expression: simulations and model checks.

举例----------Examples----------


## Note this is a very short MCMC run![＃注意：这是一个很短的MCMC运行！]
## For good analysis need proper burn-in period.[＃为了获得良好的分析，需要适当的老化期。]
data(ybar,ss)
outdir <- BGmix(ybar, ss, c(8,8), nburn=0, niter=100, nthin=1,trace.pred=1)

## Basic plot of parameters[＃参数的基本图]
params <- ccParams(outdir)
plotBasic(params,ybar,ss)

## plots of FDR and related quantities[＃图FDR和相关量]
fdr <- calcFDR(params)
par(mfrow=c(1,2))
plotFDR(fdr)

## plots of Bayesian p-values[贝叶斯p值＃图]
## for predictive checks of mixture prior [＃前预测混合物检查]
pred <- ccPred(outdir,q.trace=TRUE)
plotPredChecks(pred$pval.ybar.mix2,params$pc,probz=0.5)

## plots of predictive density superimposed on data[＃预测密度图上叠加数据]
plotMixDensity(params,pred,ybar,ss)

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注：
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