R语言 bgafun包 remove_gaps_groups()函数中文帮助文档(中英文对照)

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remove_gaps_groups(bgafun)
remove_gaps_groups()所属R语言包：bgafun

                                         remove gaps from a binary amino matrix
                                         从一个二进制氨基酸矩阵的差距

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to deal with gaps in the binary amino acid encoding.  It will remove positions from a binary amino matrix that contain more a certain fraction of gaps for any group in a column, in the alignment The gap fraction should be between 0 and 1, and can be changed with the gap\_fraction variable.
使用此功能处理二进制氨基酸编码的差距。它会删除一列中包含的任何组的差距一定分数从二进制氨基酸矩阵的位置，对齐的差距分数应该是0和1之间，可以差距\ _fraction变量改变。


用法----------Usage----------


remove_gaps_groups(x,z,gap_fraction=0.6)



参数----------Arguments----------

参数：x
Matrix representation of alignment generated by convert\_aln\_amino  
矩阵表示对齐转换\ _aln \ _amino


参数：z
Vector or factor that shows the group representation for each sequence in the alignment
向量或因素，显示在每个序列组表示对齐


参数：gap_fraction
Float between 0 and 1 indicating the fraction of gaps in a column before it should be removed
浮动介于0和1表示在一列中的分数差距之前，它应该被删除


举例----------Examples----------


library(bgafun)
data(LDH)
data(LDH.groups)
LDH.amino=convert_aln_amino(LDH)
dim(LDH.amino)
LDH.amino.gapless=remove_gaps_groups(LDH.amino,LDH.groups,gap_fraction=0.6)
dim(LDH.amino.gapless)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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