R语言 bgafun包 create_profile_strings()函数中文帮助文档(中英文对照)

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create_profile_strings(bgafun)
create_profile_strings()所属R语言包：bgafun

                                         Create a profile string for each group in an alignment
                                         建立在每个组的个人资料字串对齐

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to analysis the amino acids at each position in the alignment. It can be used to analysis the columns that the bga analysis identified as interesting It creates a profile string, 1D vector which shows the number of amino acids at each position in an alignment for each group that has been defined
此功能用于对齐在每个位置的氨基酸分析。它可用于分析的列BGA分析确定有趣它创建了一个字符串的文件，这表明在每个位置在每个已定义的组对齐氨基酸数量的维向量


用法----------Usage----------


create_profile_strings(x,y)



参数----------Arguments----------

参数：x
Matrix representation of alignment generated by convert\_aln\_amino  
矩阵表示对齐转换\ _aln \ _amino


参数：y
Vector or factor that shows the group representation for each sequence in the alignment
向量或因素，显示在每个序列组表示对齐


举例----------Examples----------


library(bgafun)
data(LDH.groups)
data(LDH.amino.gapless)
#run the analysis[运行分析]
LDH.binary.bga=bga(t(LDH.amino.gapless+1),LDH.groups)
#Get the important residues[取得了重要的残留物]
top_res=top_residues_2_groups(LDH.binary.bga)
#To tidy up the results[清理结果]
names(top_res)=sub("X","",names(top_res))
# and now look at the amino acid content in the alignment [现在看的氨基酸含量在对齐]
LDH.profiles=create_profile_strings(LDH.amino.gapless,LDH.groups)
# and now look at only those columns that are identified by BGA[现在看只有那些确定的BGA列]
#LDH.profiles[,(colnames(LDH.profiles) %in% names(top_res))][LDH.profiles（colnames（LDH.profiles）％％名（top_res））]]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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