R语言 beadarray包 squeezedVarOutlierMethod()函数中文帮助文档(中英文对照)

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squeezedVarOutlierMethod(beadarray)
squeezedVarOutlierMethod()所属R语言包：beadarray

                                         Identifier outliers on an array section
                                         数组段标识符离群

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An outlier calling method that shrinks the observed variance for a bead-type towards the predicted variance based on all bead-types on the array-section.  
一个离群通话的方法，缩小观察珠型向基于阵列节珠类型的预测方差方差。


用法----------Usage----------


squeezedVarOutlierMethod(inten, probeList, wts=1, n = 3, predictNlim=14)



参数----------Arguments----------

参数：inten
a list of intensities  
一个强名单


参数：probeList
the IDs corresponding to each intensity value  
每个亮度值对应的ID


参数：wts
Weights associated with beads, indicating those recommended for removal by, for example, BASH  
珠与相关权重，表明这些建议去除，例如，“BASH


参数：n
number of SDs cutoff used  
SDS截止号码使用


参数：predictNlim
how many beads of a bead-type must be present for that bead-type to contribute to prediction of variances?  
许多珠子珠型，珠型有助于预测差异必须存在？


Details

详情----------Details----------

This function is called within the summarize routine of beadarray to exclude outlying beads from an array-section prior to summary. The intensities are not assumed to be on any particular scale and can result from any user-defined transformation function, however a log-transformation is recommended.
此功能被称为的beadarray常规summarize内从一个数组节简要之前排除外围的珠子。强度不认为是对任何特定的比例，并可能导致任何用户定义的转换函数，但是log改造建议。

Bead-types that have predictNlim numbers are used to locally regress bead-type precision against bead-type mean, as well as the squared residual error of bead-type precision against bead-type mean. These are then used as prior values for the distribution of precision to feed into a standard Bayesian calcuation to obtain an estimate of the posterior variance.
珠类型有predictNlim号码是用来对本地倒退珠式精密珠型的平均值，以及残差平方珠式精密对珠型平均。然后，使用前分布的精确喂成一个标准的贝叶斯计算中获得后方差估计值。

Beads with weight zero do not contribute to the outlier calling.
重量零珠不出力的离群通话。


值----------Value----------

the positions in the original vector that were determined to be outliers
在原来的向量被确定为是离群的位置


作者（S）----------Author(s)----------



Andy Lynch




参见----------See Also----------

illuminaOutlierMethod
illuminaOutlierMethod


举例----------Examples----------



if(require(beadarrayExampleData)){

data(exampleBLData)

oList = squeezedVarOutlierMethod(logGreenChannelTransform(exampleBLData, 1), getBeadData(exampleBLData, array=1, what="ProbeID"))

}


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