R语言 spider包 slidingWindow()函数中文帮助文档(中英文对照)

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slidingWindow(spider)
slidingWindow()所属R语言包：spider

                                        Create windows along an alignment
                                         创建Windows沿路线

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates windows of a specified width along a DNA alignment.
创建一个指定的宽度沿DNA排列的窗户。


用法----------Usage----------


slidingWindow(DNAbin, width, interval = 1)



参数----------Arguments----------

参数：DNAbin
A DNA alignment of class "DNAbin".
一个DNA对准类的DNAbin“。


参数：width
Width of each window.
每个窗口的宽度。


参数：interval
Numeric or option of "codons". This sets interval between windows. Default of 1. Setting the option to "codons" gives an interval of 3.
数字或选项的"codons"。此设置窗口之间的时间间隔。默认值为1。将该选项设置为“密码子”，给出了间隔3。


Details

详细信息----------Details----------

Sliding window analyses are often used to determine the variability along sequences. This can be useful for investigating whether there is evidence for recombination, developing shorter genetic markers, or for determining variation within a gene.
滑动窗口分析经常被用来确定序列的变异沿。调查是否有证据的重组，发展较短的遗传标记，或用于确定一个基因内的变化，这可能是有用的。

Analyses can be conducted on each window using lapply.
进行分析可以在每个窗口中使用lapply。


值----------Value----------

A list of "DNAbin" objects, with each alignment being width bases in length. The list has length of the DNA alignment minus the width. The positions covered by each window can be retreived with attr(x, "window").
列表“DNAbin的对象，每个定位是width个碱基长度。该列表具有的DNA取向的长度减去宽度。每个窗口所覆盖，可以retreived与attr(x, "window")的位置。


（作者）----------Author(s)----------



Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>




参见----------See Also----------

lapply,  slideAnalyses,  slideBoxplots.
lapply，slideAnalyses，slideBoxplots。


实例----------Examples----------


data(woodmouse)
woodmouse <- woodmouse[,1:20]
win1 <- slidingWindow(woodmouse, width = 10)
length(win1)

win2 <- slidingWindow(woodmouse, width = 10, interval = 2)
length(win2)

win3 <- slidingWindow(woodmouse, width = 10, interval = "codons")
length(win3)

win4 <- slidingWindow(woodmouse, width = 15)
length(win4)
attr(win4[[1]], "window")
attr(win4[[2]], "window")

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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