R语言 spider包 read.GB()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

read.GB(spider)
read.GB()所属R语言包：spider

                                         Download sequences from Genbank with metadata.
                                         从GenBank下载序列与元数据。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

----------Description----------

Downloads sequences associated with the given accession numbers into a "DNAbin" class.



用法----------Usage----------


read.GB(access.nb, seq.names = access.nb, species.names = TRUE, gene = TRUE,
    access = TRUE, as.character = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：access.nb
A character vector giving the GenBank accession numbers to download.  
字符向量给GenBank登录号下载。


参数：seq.names
A character vector giving the names to give to each sequence. Defaults to "accession number | species name".  
字符向量赋予给每个序列的名字。默认为“入世号|种名”。


参数：species.names
Logical. Should species names be downloaded? Default of TRUE.  
逻辑。物种名称下载？默认值为TRUE。


参数：gene
Logical. Should the name of the gene region be downloaded? Default of TRUE.  
逻辑。应被下载的基因区域的名称？默认值为TRUE。


参数：access
Logical. Should the accession number be downloaded? Default of TRUE.  



参数：as.character
Logical. Should the sequences be returned as character vector? Default of FALSE, function returns sequences as a "DNAbin" object.  
逻辑。如果返回的字符向量序列？默认值为FALSE，函数返回序列作为“DNAbin对象。


Details

详细信息----------Details----------

This function is a modification of read.GenBank to include metadata with each sequence. Additional data currently implemented are the species names and the gene region from which sequences were derived.
此功能是修改read.GenBank包括每个序列的元数据。目前实施的其他数据的物种名称和序列，推导出的基因区域。


值----------Value----------

A 'DNAbin' object with the following attributes: "species", "gene", and "accession_num".
具有以下属性："species"，"gene"和"accession_num"ADNAbin的对象。


（作者）----------Author(s)----------



Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>




参见----------See Also----------

read.GenBank.
read.GenBank。


实例----------Examples----------


## Not run: [＃不运行：]
read.GB("AY059961")

#Download the sequences making data(anoteropsis) from Genbank[下载序列从GenBank数据（anoteropsis）]
nums <- 59961:59993
seqs <- paste("AY0", nums, sep="")
dat <- read.GB(seqs)

attr(dat, "species")
attr(dat, "gene")
attr(dat, "accession_num")
## End(Not run)[＃（不执行）]

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