R语言 spider包 read.BOLD()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

read.BOLD(spider)
read.BOLD()所属R语言包：spider

                                        Downloads DNA sequences from the Barcode of Life Database (BOLD)
                                         下载DNA序列的生命数据库条码（BOLD）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions allow DNA sequences to be downloaded from the Barcode of Life Database (BOLD).
这些功能让生命条码数据库（BOLD）的DNA序列进行下载。


用法----------Usage----------


stats.BOLD(taxon)



参数----------Arguments----------

参数：taxon
A character vector of the names of the taxa of interest.
字符向量的名称分类群的兴趣。


参数：exhaustive
Logical. Should the function search for more than 500 process IDs? Default of FALSE.
逻辑。如果搜索超过500进程ID的功能？默认值false。


参数：IDs
A character vector containing BOLD process ID numbers.
。一个字符向量，大胆的进程ID号。


Details

详细信息----------Details----------

search.BOLD retrieves BOLD process identification numbers for any given taxon using the API for BOLD version 3.0. By default, it only returns the first 500 process IDs for the given taxon. By selecting the option exhaustive = TRUE, the function can be made to search for more than 500 process IDs, but is much slower.
search.BOLD检索大胆的进程标识号，对于任何给定的类群，采用大胆的3.0版本的API。默认情况下，它只能返回第一个给定的类群500个进程ID。的功能通过选择选项exhaustive = TRUE，可以搜索超过500个进程ID，但要慢得多。

stats.BOLD retrieves the total number of records for the given taxon.
stats.BOLD检索记录给定的类群的总数。

read.BOLD downloads the sequences associated with the process identification numbers using the eFetch web service offered by BOLD to enable batch retrieval of records.
read.BOLD下载的进程标识号使用的eFetch Web服务提供的BOLD启用批次检索的记录相关联的序列。


值----------Value----------

search.BOLD returns a character vector giving the process identification numbers of the specimens found by the search.
search.BOLD返回一个字符向量给予的进程标识号的标本中发现的搜索。

read.BOLD returns an object of class "DNAbin". This object has the attributes "species", "accession_num", and "gene".
read.BOLD返回一个对象的类的DNAbin“。此对象具有的属性“物种”中，“accession_num”，和“基因”。


警告----------Warning----------

On 26 Oct 2011, attempts to access records using the eFetch system through a web browser resulted in an error, saying that eFetch and eSearch are offline for maintainance. As of 7 March 2012, both functions have been modified to interface with the new BOLD architecture, and work as expected.
在2011年10月26日试图使用eFetch系统通过Web浏览器访问记录一个错误，说eFetch和eSearch修的是离线的。截至2012年3月7日，这两个函数已经被修改接口的新的大胆的建筑，并如预期。

To test if these services are running, check the following URLs in a web browser: http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_Ajax_RecordList?query=Pisauridae http://services.boldsystems.org/eFetch.php?record_type=full&id_type=processid&ids=(ARONT259-09)&return_type=text
如果要测试这些服务正在运行，请检查以下URL的网页浏览器：http://v3.boldsystems.org/index.php/Public_Ajax_RecordList?query=Pisauridae


（作者）----------Author(s)----------



Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>




参考文献----------References----------

http://services.boldsystems.org/.
http://v3.boldsystems.org/.

参见----------See Also----------

read.GB.
read.GB。


实例----------Examples----------


## Not run: [＃不运行：]
stats.BOLD("Pisauridae")

search.BOLD(c("Danio kyathit", "Dolomedes", "Sitona discoideus"))

nn <- search.BOLD("Pisauridae")
pisaurid <- read.BOLD(nn)

write.dna(pisaurid, "filename.fas", format="fasta")
## End(Not run)[＃（不执行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。