R语言 spider包 nonConDist()函数中文帮助文档(中英文对照)

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nonConDist(spider)
nonConDist()所属R语言包：spider

                                         Nearest non-conspecific and maximum intra-specific distances
                                         距离最近的同种和最大的内特定的距离

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions give the distances to the nearest non-conspecific and furthest conspecific representatives for each individual in the dataset.
这些功能给距离最近的非同种同种和最远的代表为每个数据集。


用法----------Usage----------


nonConDist(distobj, sppVector, propZero = FALSE, rmNA = FALSE)
maxInDist(distobj, sppVector, propZero = FALSE, rmNA = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：distobj
Distance matrix.  
距离矩阵。


参数：sppVector
Species vector (see sppVector). Default of NULL.  
种向量（参见sppVector“）。默认值为NULL。


参数：propZero
Logical. TRUE gives the proportion of zero distances.  
逻辑。 TRUE给出零的距离的比例。


参数：rmNA
Logical. TRUE ignores missing values in the distance matrix. Default of FALSE  
逻辑。 TRUE忽略的距离矩阵中的缺失值。默认值为FALSE


Details

详细信息----------Details----------

nonConDist returns the minimum inter-specific distance for each individual.
nonConDist返回对每个个体的最小间的特定距离。

maxInDist returns the maximum intra-specific distance for each individual.
maxInDist返回最大为每个特定的距离内。

These two functions can be used to create a version of the barcoding gap.
这两个功能可以用于创建一个版本的条形编码间隙。


值----------Value----------

If propZero=FALSE, a numeric vector giving the distance of the closest non-conspecific individual (nonConDist) or the most distant conspecific individual (maxInDist).
如果propZero=FALSE，给距离最近的非同种个体（nonConDist）或同种个体最遥远的一个数值向量（maxInDist）。

If propZero=TRUE, a single number giving the proportion of zero distances.
如果propZero=TRUE，一个单一的数字给的比例零距离。


（作者）----------Author(s)----------



Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>




实例----------Examples----------


data(anoteropsis)
anoDist <- dist.dna(anoteropsis)
anoSpp <- sapply(strsplit(dimnames(anoteropsis)[[1]], split="_"),
    function(x) paste(x[1], x[2], sep="_"))

nonConDist(anoDist, anoSpp)
nonConDist(anoDist, anoSpp, propZero=TRUE)

maxInDist(anoDist, anoSpp)
maxInDist(anoDist, anoSpp, propZero=TRUE)

#Barcoding gap[条码技术差距]
inter <- nonConDist(anoDist, anoSpp)
intra <- maxInDist(anoDist, anoSpp)
hist(inter-intra)

#An alternative way of plotting the gap[绘制的间隙的另一种方式]
bnd <- cbind(data.frame(inter, intra))
ord <- bnd[order(bnd$inter),]
plot(ord$inter, type="n", ylab="Percent K2P distance", xlab="Individual")
segCol <- rep("gray50", length(ord$inter))
segCol[ord$inter-ord$intra < 0] <- "red"
segments(x0=1:length(ord$inter), y0=ord$inter, y1=ord$intra, col=segCol, lwd=6)



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