is.ambig(spider)
is.ambig()所属R语言包:spider
Missing bases in alignments
缺少碱基的路线
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Checks what columns in an alignment have ambiguous bases or missing data.
检查对齐列有暧昧碱基或丢失的数据。
用法----------Usage----------
is.ambig(DNAbin)
参数----------Arguments----------
参数:DNAbin
A DNA alignment of class "DNAbin".
一个DNA对准类的DNAbin“。
Details
详细信息----------Details----------
Ambiguous bases are bases that have been coded with any of the Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) DNA codes that are not A, C, G, or T. Missing data are bases that have been coded with "-", "?" or "N".
暧昧碱基已编码任何联盟的纯粹与应用化学联合会(IUPAC),A,C,G,或T.失踪的数据是与“碱基已编码的DNA编码的碱基 - ” “?”或“N”。
值----------Value----------
A logical vector containing TRUE if ambiguous bases or missing data are present, FALSE if not. Does not differentiate between the two classes of data.
一个逻辑向量,包含TRUE,如果暧昧的碱基或丢失的数据存在,否则为false。不区分两类数据。
(作者)----------Author(s)----------
Samuel Brown <s_d_j_brown@hotmail.com>
参见----------See Also----------
checkDNA
checkDNA
实例----------Examples----------
data(woodmouse)
is.ambig(woodmouse)
#Columns with ambiguous bases[柱暧昧碱基的]
which(is.ambig(woodmouse))
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