R语言 spider包 haploAccum()函数中文帮助文档(中英文对照)

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haploAccum(spider)
haploAccum()所属R语言包：spider

                                        Haplotype accumulation curves
                                         单倍型累积曲线

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

haploAccum identifies the different haplotypes represented in a set of DNA sequences and performs the calculations for plotting haplotype accumulations curves (see plot.haploAccum).
haploAccum识别不同的单倍型，表示在一组的DNA序列，并执行计算用于绘制单倍型的积累曲线（见plot.haploAccum的）。


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：DNAbin
A set of DNA sequences in an object of class "DNAbin".
一组DNA序列中的对象类的DNAbin“。


参数：method
Method for haplotype accumulation. Method "collector" enters the sequences in the order that they appear in the sequence alignment and "random" adds the sequences in a random order.
单倍型积累方法。方法"collector"进入序列中的顺序出现在序列比对和"random"添加顺序以随机的顺序。


参数：permutations
Number of permutations for method "random".
数排列方法"random"。


参数：...
Other parameters to functions.
其他函数的参数。


Details

详细信息----------Details----------

Haplotype accumulation curves can be used to assess haplotype diversity in an area or compare different populations, or to evaluate sampling effort. ``random'' calculates the mean accumulated number of haplotypes and its standard deviation through random permutations (subsampling of sequences), similar to the method to produce rarefaction curves (Gotelli and Colwell 2001).
可以使用单倍型累积曲线，在一个区域或单倍型多样性评估，比较不同的人群，或评估取样工作。 random''计算的平均累计通过随机排列（二次取样的序列）的单体型的数目和其标准偏差，产生稀疏的曲线（戈泰利和科尔韦尔2001年）的方法类似。


值----------Value----------

An object of class "haploAccum" with items:
对象的类的haploAccum的项目：


参数：call
Function call.
函数调用。


参数：method
Method for accumulation.
方法积累。


参数：sequences
Number of analysed sequences.
分析序列数。


参数：n.haplotypes
Accumulated number of haplotypes corresponding to each number of sequences.      
对应的每一个的序列数的单倍型的累计数。


参数：sd
The standard deviation of the haplotype accumulation curve. Estimated through permutations for method = "random" and NULL for method = "collector".
单倍型累积曲线的标准偏差。估算，排列method = "random"和NULLmethod = "collector"。


参数：perm
Results of the permutations for method = "random".
结果的排列method = "random"。


注意----------Note----------

This function is based on the functions haplotype (E. Paradis) from the package 'pegas' and specaccum (R. Kindt) from the package'vegan'. Missing or ambiguous data will be detected and indicated by a warning, as they may cause an overestimation of the number of haplotypes.
此函数的基础上的功能haplotype（E.帕拉迪）从包PEGAS和specaccum（R.金特）从packagevegan。丢失或模糊的数据将被检测到，并表示警告，因为它们可能导致高估的单倍型。


（作者）----------Author(s)----------



Jagoba Malumbres-Olarte <j.malumbres.olarte@gmail.com>.




参考文献----------References----------



实例----------Examples----------


data(dolomedes)
#Generate multiple haplotypes[生成多个单倍型]
doloHaplo <- dolomedes[sample(37, size = 200, replace = TRUE), ]
dolocurv <- haploAccum(doloHaplo, method = "random", permutations = 100)
dolocurv
plot(dolocurv)

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