R语言 SPIAssay包 SPIAPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SPIAPlot(SPIAssay)
SPIAPlot()所属R语言包：SPIAssay

                                        Function to visualize the result of the SPIA test
                                         功能的结果可视化的SPIA测试的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function SPIAPlot allows the user to rapidly visualize the result of the SPIA test.       
函数SPIAPlot允许用户迅速的结果可视化的SPIA测试。


用法----------Usage----------


SPIAPlot(SPIAanalysis)



参数----------Arguments----------

参数：SPIAanalysis
The result of the SPIATest function
SPIATest功能的结果


值----------Value----------

A plot of the SPIA test
一块SPIA测试


（作者）----------Author(s)----------


Francesca Demichelis <demichelis@science.unitn.it>, Davide Prandi <prandi@science.unitn.it>



实例----------Examples----------



# An example of genotype calls with:[一个例子基因型的调用方式：]
# - four cell lines[ - 四个单元系]
# - for each cell line five SNP calls[ - 每一个单元系5个SNP要求]
GenotypeCalls <- rbind(
c("SNP1", "AA", "AA", "AB", "AB"),
c("SNP2", "NoCall", "AA", "AB", "AB"),
c("SNP3", "AB", "AB", "AA" , "AB"),
c("SNP4", "BB", "BB", "BB", "BB"),
c("SNP5", "AB", "BB", "AA", "AA"))
colnames(GenotypeCalls) <- c("SNP_ID","CellLine1","CellLine2","CellLine3","CellLine4")

# Encode the data into SPIA format.[到SPIA的格式，对数据进行编码。]
# SPIA uses 0 for AA, 1 for BB, 2 for AB, and NA for NoCall[SPIA使用0为AA，BB，AB，NA NoCall]
# therefore, GenotypeCalls has to be encoded by meand of[因此，要被编码GenotypeCalls由劲歌]
# toSPIAData[toSPIAData]
encoding <- c("AA","BB","AB","NoCall")
SPIAGenotypeCalls <- toSPIAData(GenotypeCalls,encoding)


# Perform SPIA analysis[执行SPIA分析]
SPIAParam <- list(Pmm = 0.1, nsigma = 1, Pmm_nonM = 0.6, nsigma_nonM = 1, PercValidCall=0.7)
SPIAanalysis <- SPIATest(SPIAGenotypeCalls, row.names = TRUE, test.prob = TRUE, SPIAParam)

# Plot summary[图总结]
SPIAPlot(SPIAanalysis)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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