plotChipLayout(beadarray)
plotChipLayout()所属R语言包:beadarray
Function to Plot the Layout of an Illumina BeadChip
函数来绘制布局Illumina的BeadChip
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Using the values obtained from a sentrix descriptor object generated by simpleXMLparse, a plot is generated showing samples and sections.
从sentrix描述生成的对象由simpleXMLparse取得值,有一个图是展示样品和部分产生的。
用法----------Usage----------
plotChipLayout(SD, subsC = NULL, sampC = NULL, sectC = NULL, desectC = "red", markC = "white", main = NULL, samplab = NULL, sectlab = NULL)
参数----------Arguments----------
参数:SD
A sentrix descriptor object such as that generated by simpleXMLparse from an Illumina sdf file
如从Illumina的sdf文件simpleXMLparse产生sentrix描述符对象
参数:subsC
The colour for the array substrate. Will be extracted from the sentrix descriptor object if null.
阵列基板的颜色。如果的空sentrix描述对象将被提取。
参数:sampC
The colour for the samples. Will be extracted from the sentrix descriptor object if null.
样品的颜色。如果的空sentrix描述对象将被提取。
参数:sectC
The colour for the sections. Will be extracted from the sentrix descriptor object if null.
部分的颜色。如果的空sentrix描述对象将被提取。
参数:desectC
The colour with which to outline the decode sections
勾勒解码部分的颜色
参数:markC
The colour for plotting decoding and analytical markers
图解码和分析标记的颜色
参数:main
A title to give the figure (e.g. chip name)
一个头衔给的数字(例如芯片的名称)
参数:samplab
labels for the samples. Will be extracted from the sentrix descriptor object if null.
对样品的标签。如果的空sentrix描述对象将被提取。
参数:sectlab
labels for the sections (if appropriate). Will be extracted from the sentrix descriptor object if null.
标签的部分(如适用)。如果的空sentrix描述对象将被提取。
值----------Value----------
returns a plot to the current device (recommend this is tall and thin)
返回到当前设备的小区(建议这是又高又瘦)
作者(S)----------Author(s)----------
Andy Lynch
举例----------Examples----------
## SD<-simpleXMLparse(mysdf)[#的SD-simpleXMLparse(mysdf)]
## plotChipLayout(SD)[#plotChipLayout(SD)的]
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