R语言 beadarray包 medianNormalise()函数中文帮助文档(中英文对照)

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medianNormalise(beadarray)
medianNormalise()所属R语言包：beadarray

                                        Median normalise data in a matrix
                                         矩阵中的中位数标准化数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Normalises expression intensities so that the intensities or log-ratios have equal median values across a series of arrays (columns).
Normalises表达强度强度或数比率，使整个系列阵列（列）有平等的中值。


用法----------Usage----------


medianNormalise(exprs, log=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：exprs
a matrix of expression values
一个表达式的值的矩阵


参数：log
if TRUE then do a log2 transformation prior to normalising
如果真那么做的log2改造前标准化


Details

详情----------Details----------

Normalisation is intended to remove from the expression measures any systematic trends which arise from the microarray technology rather than from differences between the probes or between the target RNA samples hybridized to the arrays.
标准化的目的是从表达中删除的任何措施，从芯片技术，而不是从之间的探针杂交阵列的靶RNA样品之间的差异或出现系统性的趋势。

For median normalisation, the intensity for each gene is adjusted by subtracting the median of all genes on the array and then adding the median across all arrays. The effect is that each array then has the same median value.
中位数的标准化，为每一个基因的强度减去阵列上的所有基因的中位数，然后加入所有阵列中位数调整。效果，然后每个阵列具有相同的中值。


值----------Value----------

Produces a matrix of normalised intensity values (on the log2 scale by default) with the same dimensions as exprs.
生产exprs尺寸相同的矩阵的归一化强度值（默认情况下，log2对数值）。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Dunning



举例----------Examples----------



if(require(beadarrayExampleData)){

data(exampleSummaryData)

exampleSummaryData.log2 <- channel(exampleSummaryData,"G")

exampleSummaryData.med = assayDataElementReplace(exampleSummaryData.log2, "exprs", medianNormalise(exprs(exampleSummaryData.log2)))

}


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