species.richness.main(sperich)
species.richness.main()所属R语言包：sperich
Main Function for species richness estimation
主要功能为物种丰富度估计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The main function to estimate or cross-validate the species richness based on given species occurences.
估计或交叉验证的主要功能根据给定的物种出现次数的物种丰富度。
用法----------Usage----------
dataset.height, distances=1:10, weight=0.5, resolution=1,
narrow.endemic=FALSE, narrow.endemic.limit=5, upperbound=5,
cross.validation=FALSE, fold=5, loocv.limit=10,
create.image=FALSE, image.title="Interpolated Species Richness",
directory=getwd(), filename="species.richness.png",
evaluation=FALSE, eval.title="Histogramm", adjust=FALSE,
clusterlimit=100, predefinedClusterlist=NULL, all.species=-1,
export=FALSE, drivername="GTiff", exportname="species.richness.tif",
参数----------Arguments----------
参数：dataset.all.species
A dataset containing all observed species with their ID (named: speciesID) and the longitude (named: long) and latitude (named: lat) of their occurence location.
数据集包含了所有观察到的物种他们的ID（名为：speciesID）的，其发生“位置的经度（命名为：长）和纬度（名为：纬度）。
参数：dataset.landwater
A dataset containing the percentage of land on a cell of a grid. The coordinates of the cell should be given as longitude (named: long) and lattude (named: lat) and the percentage of land shoud be named landsum. If the value of 'dataset.landwater' is 'NULL', the land-water-information has no effect on the species richness estimation.
数据集包含土地上的一个网格单元的百分比。应给予的坐标单元经度（命名为：长）和lattude（名为：纬度），被命名为landsum土地电视剧续集失误谈的百分比。如果该值“dataset.landwater是NULL，土地与水的信息没有任何影响的物种丰富度估计。
参数：dataset.height
A dataset containing the longitude and lattitude of the grid cell location as 'long' and 'lat' and the height of the cell as 'height'. If the value of 'dataset.height' is 'NULL', the height-information has no effect on the species richness estimation.
含的数据集为“长”和“纬度”，“高度”的单元格的高度的网格的单元格位置的经度和lattitude。如果该值“dataset.height是NULL，高度信息的物种丰富度估计没有影响。
参数：distances
The distances which will be used for species range estimation or cross validation.
距离将用于种范围估计或交叉验证。
参数：weight
The tuning parameter of the weighting procedure (details in Raedig et al. 2010).
调整参数的加权处理（详情在Raedig等，2010）。
参数：resolution
The resolution of the grid in (geographical) degree.
决议中的网格（区域）学位。
参数：narrow.endemic
A boolean flag that determines if only narrow endemic species should be considered in species richness estimation.
一个布尔标志，用于确定如果只有狭窄的特有物种，应考虑物种丰富度估计。
参数：narrow.endemic.limit
This value determines the limit of points up to which a species is considered as narrow endemic species.
此值确定点的限制，一个物种被认为是狭隘的特有物种。
参数：upperbound
This value determines the height which is considered to be a barrier for species distribution.
此值确定的高度，这被认为是物种分布的障碍。
参数：cross.validation
A logical value determining wether a cross-validation is performed. If the value is true, the parameters narrow.endemic and narrow.endemic.limit will be ignored.
是一个逻辑值，确定羯羊交叉验证。如果该值为true，则的参数narrow.endemic和narrow.endemic.limit将被忽略。
参数：fold
The number of groups which should be created if the number of occurences is greater than loocv.limit.
的基团的数目应创建的出现次数，如果数量是大于loocv.limit。
参数：loocv.limit
The limit below which the subsamples are created for a leave-one-out-cross-validation instead of a k-fold-cross-validation.
下面的限制创建子样本休假离开交叉验证，而不是一个K倍交叉验证。
参数：create.image
A boolean flag that determines if an image (PNG-File) should be created.
一个布尔值标志图像（PNG文件），决定是否应创建。
参数：image.title
The heading of the created image.
的标题所创建的图像。
参数：directory
The directory in which the created files should be stored.
应存储的目录中创建的文件。
参数：filename
The filename of the created PNG-Files.
创建的PNG文件的文件名。
参数：evaluation
A boolean value determining wether the routine 'evaluate' is used or not. If the value is true, a PNG-File with a histogramm of the result grid will be created.
一个布尔值，确定羯羊常规“评估”使用或不使用。如果该值为true，PNG文件，一个histogramm的结果网格将被创建。
参数：eval.title
The heading of the created histogramm.
的标题创建histogramm。
参数：adjust
A boolean value determining wether an adjustment of the result grid should be done or not.
一个布尔值，确定羯羊调整的结果网格或不应该做的。
参数：clusterlimit
The limit under which values of 'species.richness' should not be used to build clusters. Each cluster will be adjusted with an own centre of species richness.
的限制下，值不应使用species.richness的建立聚类。每个聚类都将被调整的物种丰富度与自己的中心。
参数：predefinedClusterlist
A list of vectors of pixelpositions (created by 'searchClusters') which are spatial related. The default value is NULL because the list will be created if 'adjust' is 'TRUE', but it may be useful for robustness estimation, because the cross-validation result should be adjusted with the same clusterlist as the related species richness estimation (and without a pre-defined clusterlist, other clusters will be build).
的列表的向量pixelpositions（创建由“searchClusters”），空间相关。默认值是NULL，因为该列表将被创建，如果调整是TRUE，但它的鲁棒性估计可能是有用的，因为交叉验证结果应调整相关的物种丰富度估计的相同clusterlist（和没有一个预先定义的clusterlist的，其他聚类将被建立）。
参数：all.species
The vector with the numbers of the species which should be mentioned. If the first value is -1, all species in the database will be used for species richness estimation.
的种类的数目，应提及的向量。如果第一个值是-1，将用于数据库中的所有物种，物种丰富度估计。
参数：export
A boolean value that determines if the routine should export the results as GDAL grid map.
一个布尔值，确定的程序应该输出的结果GDAL栅格图。
参数：drivername
Determines the format of the resulting GDAL grid map. All available drivers can be shown by using the command 'gdalDrivers()'.
所得GDAL网格图确定其格式。可显示所有可用的驱动程序，使用的命令“gdalDrivers（）。
参数：exportname
The name of the created file containing the GDAL grid map.
含有GDAL网格图创建的文件的名称。
参数：noninterpolatedgrid
A grid containing the species occurences (could be created via function 'createNonInterpolatedGrid'). If the value of this parameter is 'NULL', it will be created if an adjustment should be done. The parameter may be usefull to save time while processing more than one 'species.richness.main'.
可以创建一个网格包含的物种的出现次数（通过功能createNonInterpolatedGrid“）。如果这个参数的值是“NULL”，将创建它应该做的调整。此参数可以是有用的，节省时间，同时处理一个以上的species.richness.main“。
参数：silent
A boolean flag that determines wether the report of status messages should be suppressed or not.
一个布尔标志，用于确定羯羊报告应被抑制的状态消息。
Details
详细信息----------Details----------
This routine is the main function of this package. It eithor estimates or cross-validates the species richness based on given species occurences through a geometric interpolation model (details in Raedig et al. 2010).
此例程是这个包的主要功能。 eithor估计或交叉验证的物种丰富度的基础上给定的物种出现通过几何插值模型（详情在Raedig等，2010）。
值----------Value----------
This function returns a grid which contains either the weighted or the cross-validated species richness information. Additionally, an image (PNG-File) of that grid could be created.
这个函数返回一个网格，其中包含的加权或交叉验证的物种丰富度信息。此外，该网格的图像（PNG文件）可以被创建。
（作者）----------Author(s)----------
Maximilian Lange, Sven Lautenbach
参考文献----------References----------
Reassessing Neotropical angiosperm distribution patterns based on monographic data: a geometric interpolation approach. Biodivers Conserv, 19, 1523-1546.
实例----------Examples----------
##load data[＃加载数据]
data(dataset.all.species)
data(dataset.landwater)
data(dataset.height)
##estimate species richness[＃估计物种丰富度]
species.richness.weighted <- species.richness.main(dataset.all.species,
dataset.landwater, dataset.height, distances=1:10, weight=0.5,
resolution=1, narrow.endemic=FALSE, narrow.endemic.limit=5,
upperbound=5, cross.validation=FALSE, fold=5, loocv.limit=10,
create.image=FALSE, directory=getwd(), filename="species.richness.png",
all.species=1:20, export=FALSE)
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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发表于 2012-9-30 15:01:21
