pnpmle(SPECIES)
pnpmle()所属R语言包：SPECIES
Penalized conditional NPML estimator for species richness
处罚条件NPML估计物种丰富度
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function calculate the penalized conditional NPML estimator of the species number by Wang and Lindsay 2005. This estimator was based on the conditional likelihood of a Poisson mixture model. A penalty term was introduced into the model to prevent the boundary problem discussed in Wang and Lindsay 2008. The confidence interval is calculated based on a bootstrap procedure. A Fortran function is called to for the computing.
此函数计算惩罚的条件NPML估计的物种数由2005年王和林赛。这个估计是基于对有条件的泊松混合模型的可能性。惩罚项引入模型，以防止在2008年王和林赛讨论边界问题。置信区间的计算自举程序。一个Fortran函数被调用的计算。
用法----------Usage----------
pnpmle(n,t=15,C=0,b=200,seed=NULL,conf=0.95,dis=1)
参数----------Arguments----------
参数：n
a matrix or a numerical data frame of two columns. It is also called the “frequency of frequencies” data in literature. The first column is the frequency j=1, 2…; and the second column is n_j, the number of species observed with j individuals in the sample.
两列的矩阵或数值数据框。它也被称为“频率”在文献中的数据的频率。第一列是频率j=1, 2…;，第二列是n_j，j样品中的个人观察到的物种的数量。
参数：t
a positive integer. t is the cutoff value to define the relatively less abundant species to be used in estimation of the Poisson mixture. The default value is t=15. The recommendation is to use \code{t} ≥ 10.
一个正整数。 t是截止值定义估计泊松混合物中要使用的相对较少的物种丰富。默认值是t = 15。的建议使用\code{t} ≥ 10。
参数：C
integer either 0 or 1. It specifies whether bootstrap confidence interval should be calculated. “C=1” for YES and “C=0” for NO.The default of C is set as 0.
整数0或1。它指定是否应计算自举置信区间。 “C= 1”为YES“C= 0”默认C NO.The被设置为0。
参数：b
integer. b specifies the number of bootstrap samples to be generated for confidence interval. It is ignored if “C=0”.
整数。 b指定bootstrap样本的置信区间产生的数量。它被忽略，如果“C= 0”。
参数：conf
a positive number ≤ 1. conf specifies the confidence level for confidence interval. The default is 0.95.
一个正数≤ 1。 conf指定的置信水平下的置信区间。默认值是0.95。
参数：seed
a single value, interpreted as an integer. Seed for random number generation
一个单一的值，解释为一个整数。产生随机数的种子
参数：dis
0 or 1. 1 for on-screen display of the mixture output, and 0 for none.
0或1。 1的混合物输出的屏幕上的显示，并没有为0。
值----------Value----------
The function pnpmle returns a list of: Nhat, CI (if “C=1”). <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>Nhat</td> <td> Point estimate of N</td></tr> <tr valign="top"><td>CI</td> <td> bootstrap confidence interval</td></tr> </table>
函数pnpmle返回一个列表：Nhat，CI（如果“C= 1”）。 <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> Nhat</ TD> <TD>点估计的N</ TD> </ TR> <TR VALIGN =“”> <TD>CI </ TD> <TD>引导可信区间为</ TD> </ TR> </ TABLE>
（作者）----------Author(s)----------
Ji-Ping Wang,Department of Statistics, Northwestern University
参考文献----------References----------
Wang, J.-P., and Lindsay, B.G., 2008, An exponential partial prior for improving NPML estimation for mixtures, Statistical Methodology, 2008,5:30-45
实例----------Examples----------
library(SPECIES)
##load data from the package, [＃加载数据从包中]
## \dQuote{butterfly} is the famous butterfly data by Fisher 1943.[{蝴蝶}＃\ dQuote是著名的蝴蝶费舍尔1943年的数据。]
#data(butterfly)[数据（蝴蝶）]
##output estimate without confidence interval using cutoff t=15[＃输出的置信区间估计没有使用截止吨= 15]
#pnpmle(butterfly,t=15,C=0)[pnpmle（蝶泳，T = 15，C = 0）]
##output estimate with confidence interval using cutoff t=15[＃输出估计值的置信区间使用截止吨= 15]
#pnpmle(butterfly,t=15,C=1, b=200)[pnpmle，T = 15，C = 1，B = 200（蝴蝶）]
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发表于 2012-9-30 14:48:59
